كشف جهاز المراجع القومي بالولاية عن استخدام هيئة مياه الخرطوم لمواد ضارة ومسرطنة تشمل البلمر الصلب والبودرة والكلور بجانب توريدها مواد غير مطابقة للمواصفات والمقاييس ، وانتقد امتناع الهيئة وهيئة الخرطوم للصحافة والنشر عن مراجعة حساباتهما. وأبان تقرير المراجعة لجهاز ديوان المراجعة القومي أن مادتي البلمر الصلب والبودرة تحتوي على مواد ضارة سامة ومسرطنة تشمل الحديد، الزنك، النحاس، الرصاص، الكروم، والمانجنيز، وأكد أن غاز الكلور سام وقاتل عند تسربه، وحذر من عجز المخزون من مواد التنقية والذي يؤدي إلى توزيع مياه منخفضة التنقية تتسبب في انتشار الأمراض المعدية والوبائية. وانتقد الهيئة لعدم امتلاكها لمخازن مجهزة للحفاظ على المواد المستخدمة في تنقية المياه التي تشمل البولي المونيوم، كلورايد السائل، الصلب البلمر،الشب، وغاز الكلور، ونوه إلى أنها مواد سامة تشكل خطراً على العاملين بالهيئة والمناطق المجاورة لحفظها في فناء المحطات. وقال التقرير إن العاملين لا يلتزمون باستخدام أدوات السلامة من لبس الواقي والقفازات والكمامات عند فتح اسطوانات غاز الكلور أو تشغيل المحطة وصيانتها، وأكد أن الهيئة قامت بتوريد مواد غير مطابقة للمواصفات بجانب تعرضها لخطر تبديد الأموال نتيجة لعدم وجود ضمانات كافية وشروط جزائية بعقود التوريد. وابتدر المراجع العام في السودان 2010 تقرير جديد عن الانتهاكات البيئية كبادرة جديدة وجدت استحساناً كبيراً من المراقبين. وكشفت تقارير للمراجع العام في العام 2011 م عن الأوضاع البيئية بالبلاد عن وجود مبيدات منتهية الصلاحية تقدر قيمتها «21,102»جنيه. واشار التقرير الذى اثار ضجة كبيرة حينها لانتشار أمراض السرطانات والإجهاض في المناطق التي توجد بها تلك المبيدات، وخاصة بالجزيرة، في وقت أبان فيه وجود مخالفات للتخلص من النفايات الطبية بعدد من مستشفيات الخرطوم.
