أبدت الحكومة السودانية، الخميس 1-9-2011، قلقها من تسارع وتنامي وتيرة التطبيع بين دولة جنوب السودان حديثة النشأة و(إسرائيل). وعبرت الخرطوم عن تخوفها من أن ترمي علاقة الدولة الوليدة بالدولة العبرية إلى زعزعة استقرار السودان. وقال المتحدث باسم الخارجية السودانية العبيد أحمد مروح في تصريح صحفي :" إن الحركة الشعبية ظلت تلقى العون من (إسرائيل) دعماً لاستراتيجية منع التمدد العربي والإسلامي". وأضاف: "ثبت عملياً أن الأمر أكبر مما كان يعتقد أو يقدر بعد تسارع خطوات التطبيع بين جنوب السودان و(إسرائيل). وتابع مروح: " نحن ننظر لهذا الأمر من زاويتين الأولى أنه شأن داخلي سيادي لجنوب السودان لا يعنينا في شيء، ولكن من زاوية ثانية نتحسب من تأثير هذه العلاقة على استقرار الأوضاع الأمنية بالسودان أو الإضرار به".