تبرأ ابراهيم نايل ايدام من انقلاب الثلاثين من يونيو 1989، وقال انه لم يكن من المخططين أو المنفذين، بل من أكبر المتضررين من نظام الحكم السابق. وخضع ايدام، برفقة عضوي مجلس انقلاب 30 يونيو التجاني آدم الطاهر وعثمان احمد حسن، لتحقيق استمر لاربع ساعات بمجمع نيابات الخرطوم في البلاغ المفتوح في مواجهتهم ضمن مدبري ومنفذي الانقلاب على النظام الديمقراطي. وقال ايدام من داخل نيابة الخرطوم شمال، انه لم يكن ضمن الضباط الذين شاركوا في التحرك العسكري عشية الثلاثين من يونيو وانه جرى اخطاره بعد ذلك باختياره عضواً بمجلس قيادة الثورة، ولم يكن يدري ان الاسلاميين هم من سيطروا على الحكم الا بعد ان دعاهم نائب رئيس المجلس الزبير محمد صالح الى اجتماع قال انه يضم (اخوانا) للتعرف بهم، وأضاف "لأول مرة التقي بعلي عثمان وقادة الاسلاميين باستثناء الترابي الذي كان في السجن حينها". وقال ايدام انه من أكثر الناس تضرراً من نظام الانقاذ حيث جرت مطاردته ومحاربته في رزقه، وقال انه حتى الآن لا يملك منزلاً ولا يملك أي شيئ، وزاد "حتى أولادي تمت مطاردتهم ومنعوا من الوظائف العامة"، معلناً استعداده للمساءلة والمحاسبة عن كل مواقع المسؤولية التي شغلها إبان الحكم السابق. وحول الجرائم والاعدامات والانتهاكات التي وقعت إبان عضويته لمجلس قيادة الثورة، قال ايدام إن إبعادهم من القوات المسلحة تم منذ وقت مبكر، "بمجرد إضافتنا لعضوية المجلس لم تعد لنا علاقة مباشرة بالجيش وما يدور داخله"، وشدد على انه لم يعرف بحركة 28 رمضان 1990 الا بعد وقوعها وتنفيذ أحكام الإعدام في الضباط الذين قادوها وعددهم 28 ضابطاً.
