على الرغم من أن السعودية وضعت جماعة الإخوان المسلمين قبل سنوات ضمن لائحة التنظيمات الإرهابية، إلا أن بيان هيئة كبار العلماء في المملكة حول الجماعة، أعاد الخلاف للواجهة وطرح تساؤلات عدة. تساؤلات تتعلق بالتوقيت والأهداف وما يمكن أن يترتب على تلك الخطوة؟، خاصة أنها تزامنت مع عمليات لبعض الدول تجاه مقرات الجماعة في الاتحاد الأوروبي. بيان هيئة كبار العلماء الذي نشر قبل أيام اعتبرت فيه الإخوان المسلمين "جماعة إرهابية لا تمثل نهج الإسلام" مضيفة أن "الجماعة تتبع أهدافها الحزبية المخالفة لتعاليم الدين". وفي الإطار ذاته دعا وزير الشؤون الإسلامية والدعوة والإرشاد السعودي، عبد اللطيف آل الشيخ، عبر تغريدة له، إلى تخصيص خطبة الجمعة في المملكة حول بيان هيئة كبار العلماء، الذي صنف جماعة الإخوان المسلمين "منظمة إرهابية". الأكاديمية والكاتبة السعودية أمل الهزاني تقول إن الجماعة تم تصنيفها من قبل الحكومة السعودية في عهد الملك عبد الله بن عبد العزيز عام 2014، وهو ما يؤكد أن موقف السعودية من الجماعة. وأضافت في حديثها ل"سبوتنيك" أن هيئة كبار العلماء تم تشكيلها مؤخرا، وأن هذا البيان هو الأول الذي خرجت به يؤكد خطورة التنظيم على سمعة الإسلام في العالم. وأشارت إلى أن التراخي معهم أو مع المتعاطفين يفتح لهم ثغرة للقيام بأي عمل إرهابي كما هو متوقع منهم. من ناحيته قال المحلل السياسي الدكتور محمد آل سلطان، إن الإخوان المسلمين هي "أم الجماعات" التي خرج منها كافة الجماعات الإرهابية. وأضاف في حديثه ل"سبوتنيك"، أن مواجهة التنظيم يجب أن تتم على عدة أطر، وأن السعودية صنفتها جماعة إرهابية قبل عدة سنوات. يقع بيان هيئة كبار العلماء في سياق المواجهة الفكرية، بحسب آل سلطان، حيث يرى أن المملكة وضعت تنظيم الإخوان إلى جانب العديد من التنظيمات على لائحة الإرهاب. حول احتمالية قيام الجماعة بعمليات إرهابية ضد السعودية في الداخل أو المصالح السعودية، يرى آل سلطان، أن المملكة تمكنت من تجفيف منابع هذا الفكر الإرهابي في الداخل ومع التحالف الذي يحارب التنظيم. ويشير إلى أن بيان هيئة كبار العلماء له تأثيره في العالم الإسلامي، وأن السعودية لن تتراجع عن اتخاذ كافة الخطوات الخاصة بالمواجهة بكافة أشكالها. وشدد على ان تحالفات التنظيم مع بعض الدول "المخدوعة" معروفة، وأن التنظيم أينما حل بدولة أحل الخراب والدمار والإرهاب، وان أي تبني لهذا التنظيم يواجه بمواجهة معلنة من المملكة. فيما يقول سعد بن عمر رئيس مركز دراسات القرن، أن منهج جماعة الإخوان يتمثل في الانقضاض على السلطة وإلغاء الآخر. ويرى بن عمر أن بعض الدول سيكون لها ردة فعل غير مناسبة للحدث، وأن ما صدر من هيئة كبار العلماء يؤكد القرار الذي اتخذته المملكة قبل سنوات بشأن تصنيف الجماعة على لائحة الإرهاب. وأشار إلى أن بعض الدول تستغل الإخوان في تحقيق أهدافها في المنطقة العربية. وأثار البيان ردود فعل رافضة للبيان، حيث وصفته حركة حمس بالجزائر، بأنه مثير للفتنة، فيما ردت جماعة الإخوان المسلمين ببيان نفت فيه "الاتهامات التي وجهتها لها هيئة كبار العلماء".
