تحالفت أكثر من 700 منظمة مجتمع مدني تحت مسمى (قوس قزح)، بمبادرة من المنظمات السودانية من أجل اكمال الاستفتاء بحرية ونزاهة وشفافية، والعمل على عدم التأثير على المواطن الجنوبي. واكد رئيس (تحالف قوس قزح لمنظمات المجتمع المدني من أجل استفتاء حر ونزيه)، حمد شنقر السماني، أن مهمة التحالف العمل على قيام الاستفتاء وفق قانون الاستفتاء وتبصير مواطني الجنوب بحقوقهم القانونية والدستورية، بجانب قبول نتائج العملية لضمان تحقيق الاستقرار في البلاد.