تمَّ بجامعة النيلين في الثامن والعشرين من شهر فبراير 2011 التوقيع على اتفاقية نشاط علمي للقيام بالبحوث المشتركة والتدريب بين جامعة النيلين وجامعات ألمانية (جامعة برلين التقنية، جامعة برلين الحرة، ومعهد علوم الأرض التطبيقية). وتضم الاتفاقية كذلك جامعة جوبا وجامعة بحر دال الأثيوبية. وقع الاتفاقية عن جامعة النيلين بروفيسور محمد سعيد الطاهر نائب مدير الجامعة، فيما وقع عن المؤسسات العلمية الألمانية بروفيسور بيرند مايسنر منسق برامج العمل بمنظمة دات. وقد تم اختيار بروفيسور بدر الدين خليل أحمد منسقاً للبرنامج بجامعة النيلين. تجدر الإشارة إلى أنَّ منظمة دات الألمانية قد تعهدت بتغطية جزء هام من تكلفة تنفيذ مشاريع البحث والتدريب المدرجة في البرنامج والتي سيقوم بها أساتذة الجامعات المذكورة أعلاه.