وجهت قيادات إسلامية انتقادات لتجربة الحركة الإسلامية السودانية، مشيرين الى أنها «مجمدة وبلا فاعلية تستدعى وقت الحاجة»، واعتبروا النموذج الحالى من اسوأ الحكومات فى تاريخ البلاد. وكشف القيادى الإسلامي الطيب زين العابدين فى ندوة « تجربة الحركة الإسلامية السودانية فى مجال حقوق الانسان» بدار المؤتمر الشعبى امس، ان الحركة الإسلامية اصدرت وثيقة خاصة بحقوق الانسان فى العام 1994 تضمنت كافة الحقوق، قال انها لم تنشر عن قصد، واتهم زين العابدين القوى السياسية «الإسلامية واليسارية» بأنها لاتؤمن بالديموقراطية ،وقال « تجربة الإسلاميين فى السلطة فيها تنكر للحريات ومخالفات لحقوق الانسان». واوضح القيادى بالمؤتمر الشعبى عبدالله حسن أحمد ان الحركة الإسلامية السودانية فى بدايتها لم تفكر فى الوصول الى السلطة ،وقال « اهتمت بالفكر والتربية وتحولت الى حركة سياسية بعد اضطهادها من قبل اليسار».