تحدياتٌ كثيرة تحيط بالحكومة الانتقالية ابتداءً بالأوضاع التي خلفها النظام السابق، وانتهاءً بفرص واحتمالات الانقلاب على الحكومة، والأخيرة وإن كانت هواجس لدى عامة الشعب ونخبهُ إلا أنها أيضًا جاءت كثيرًا على لسان عدد من قادة قوى الحُرية والتغيير آخرها كانت للقيادي بقوى الحُرية والتغيير، الأمين العام لحزب المؤتمر السوداني خالد عمر يوسف الذي أشار في حديثه ل(السوداني) إلى أن لديهم معلومات عن وجود جهات تخطط للانقلاب على الحكومة الانتقالية. في الرابع عشر من يونيو وهي المرةُ الأولى التي يُعلن فيها المجلس العسكري الانتقالي عن إحباطه محاولة انقلابية والتحفظ على المجموعات التي خططت لذلك، -مُنذ ذلك الوقت والتصريحات تتوالى عن المحاولات الانقلابية. أصابع الاتهام حتى اللحظة لم تستقر على أسماء بعينها سوى التي تم الإعلان عنها والقبض عليهم فى انتظار المحاكمة أوالذين تم الإفراج عنهم لاحقًا، فيما ظلت بقية التفاصيل رهينةً لنتائج لجان التحقيق، ورغم الحديث عن يقظة القوات الأمنية وسيطرة المجلس العسكري عليها لكن المخاوف ما تزال متجددة خشية أن تؤتي إحدى هذه المحاولات ثمارها وتُسجل في التاريخ كانقلاب آخر ضد التغيير ومحاولة تحقيق الديمقراطية في السودان. كسب سياسي على الرغم من نفي المؤسسة العسكرية في وقتٍ سابق لرصد أيّ محاولات انقلاب، إلا أن المتحدثين والمتنبئين بوقوع انقلاب يسوقون مبرراتٍ عديدة لذلك منها افتعال الأزمات وتنامي وتيرتها مؤخرًا ومنذُ تسلم الحكومة الانتقالية لمهامها. خالد عمر الذي يقول إن افتعال الأزمات مؤشرٌ لذلك يشير أيضًا إلى أن أولها مسألة تفتيت وحدة قوى الثورة والفصل بين الحكومة وحاضنتها السياسية. بالمقابل قال الناطق الرسمي باسم الجيش العميد ركن عامر محمد الحسن ل(السوداني): لا توجد معلومات عن فرص وجود انقلاب، ومعلومات كهذه يتم الإعلان عنها دائمًا، حاليًا لا توجد مؤشرات لذلك. وأضاف: المحاولات الانقلابية لا يُعلن عنها لو كان هناك انقلاب وتم العلم به، فهذا ليس انقلابًا، لافتًا إلى أن الأمر ليس بهذه السهولة، داعيًا الجهات السياسية إلى الابتعاد عن مثل هذه التصريحات والكسب السياسي الرخيص، منوهًا إلى أنها مسؤولية القوات المسلحة. ووصف عامر مثل هذا الحديث ب"المناورة السياسية" وأنها ليست في مصلحة البلاد، مُعتبرًا أن هُناك حاجة لطمأنة المواطن وتذليل معاشه، مؤكداً أن القوات المسلحة أكثر يقظة بما يؤمن البلاد ويبعد عنها الفتن ويحافظ على أمنها القومي. النظام السابق مراقبون يعززون من فرص وقوع الانقلاب على الحكومة الانتقالية مشيرين إلى أنهُ انقلاب سيأتي بطابع تصحيحي لمثار الثورة إلا أنهُ في حقيقته ثورةٌ مضادة، أما آخر التصريحات الرسمية عن إحباط محاولة انقلابية أدلى بها رئيس المجلس العسكري الانتقالي عبد الفتاح البرهان في الأول من يوليو، في أكثر من حوار تليفزيوني، البرهان قال وقتها إن آخر محاولة انقلابية كانت أمس الأول، وأنهم أحبطوا عددًا آخر من المحاولات، مشيرًا إلى أن حسمها يحتاج للدقة، وأضاف: هناك مجموعات تُخطط للاستيلاء على الحكم وقلب الطاولة على المجلس العسكري وقوى الحرية والتغيير، موضحًا أن انتماءاتها مختلفة وأن هدفها هو السيطرة على البلاد والتخطيط لذلك يجري الآن. وبهذه التصريحات تصبح مخاوف البعض التي عبروا عنها عقب توقيع الاتفاقية بوقوع محاولات انقلابية، -تصبح- حقيقة، ومبررة طيلة الفترة الانتقالية. الكاتب الصحفي محمد جامع قال ل(السوداني): في تقديري فرضية الانقلاب غير مستبعدة وكل المؤشرات تدل على حدوثها، مشيرًا إلى أن قوى الحرية والتغيير مُغيبة عن الشأن العسكري والأمني بفعل الوثيقة الدستورية التي وقعت عليها وبالتالي ليس لديها علم بالملف الأمني، مرجحًا تلقيها للأخبار من وسائل الأعلام. وأضاف: فرضية الانقلاب تحدث عنها رئيس حركة الإصلاح الآن غازي صلاح الدين عندما حذر منسوبي النظام السابق من التعويل على ثورة مضادة تأتي بهم مرة أخرى إلى السلطة، مشيرًا إلى أن السيناريو المطروح غالبًا هو زيادة حالة التذمر والسخط ضد حكومة حمدوك في ظل عدم مقدرتها على مجابهة الأزمات الاقتصادية ومشكلة المواصلات، ثم توسع الاحتجاجات المتفرقة الحالية وتصعيدها، لافتًا إلى أنهُ سيأتي بعد ذلك دور كوادر النظام السابق في الأجهزة الأمنية لإحداث الانقلاب، مُرجحًا في ذات الوقت أن يحدث الانقلاب من المكون العسكري الحالي في المجلس السيادي بدعوى فشل الحكومة المدنية في تحقيق طموحات المواطنين وتدهور الأوضاع الاقتصادية والأمنية. ثورة مضادة من جانبه اعتبر اللواء "م" أمين اسماعيل مجذوب في حديثه ل(السوداني): أن الدولة تُعاني من سيولة أمنية تتيح الفرصة للشائعات مردها تخفيض صلاحيات جهاز الشرطة وجهاز المخابرات مما خلق مناخًا غير آمن، مشيرًا إلى أن دورها بحاجة لتفعيل أكثر، لافتًا إلى عدم وجود الثقة بين المكونيين في المجلس السيادي، وأضاف: قوى الحرية والتغيير والأحزاب السياسية تخشى من عودة العسكر أو النظام القديم لجهة عجزها عن إدارة الدولة حاليًا، وعدم وجود رؤية واضحة لإدارة الفترة الانتقالية، وملفات السلام وإيقاف الحرب، إلى جانب أن وجود السودان في لائحة الدول الراعية للأرهاب يمثل عبئًا كبيرًا على الدولة. ويرى مجذوب أن السياسيين يوجهون رسائل عبر تصريحاتهم للمجتمع الدولي والإقليمي لإيهامهم أن المكون العسكري قد يقوم بردة ومحاولة للاستيلاء على السلطة مُعتبرًا في ذات الوقت أنها محاولات لإبعاد المكون العسكري من مجلس السيادة، وأضاف: على أرض الواقع لا توجد شواهد ولا تنظيمات تدل على فرص وقوع انقلاب أو جهات تخطط له ومن قاموا بذلك تم القبض عليهم وتجرى مُحاكمتهم. ودعا قوى الحُرية والتغيير والأحزاب السياسية والحركات المسلحة للتوافق على مشروع قومي يستوعب الجميع بما فيهم القوات المسلحة.
