تدرس حكومة جنوب السودان حالياً مقترحاً مصرياً حول اتفاقية إطارية للتعاون بين البلدين في مجال إدارة وتنمية الموارد المائية بمختلف ولايات الجنوب، ومن المتوقع أن يشهد رئيس الوزراء المصري د.هشام قنديل خلال زيارته القادمة لجنوب السودان التوقيع على تلك الاتفاقية. وكشف مصدر مصري أن الاتفاقية تتضمن 8 مواد رئيسية أهمها أن التشاور والتعاون ركيزتان أساسيتان في المشروعات التي من شأنها حفظ وحماية وصيانة مياه حوض النيل كماً ونوعاً من خلال خطط التنمية الشاملة والمتكاملة والمستدامة، بجانب الالتزام بمبادئ المشاركة والاستخدام المنصف والعادل لمياه حوض النيل دون أن يتسبب ذلك في إحداث ضرر ملموس لأحد الطرفين. وطبقاً لذات المصدر فإن الاتفاقية تتضمن إنشاء هيئة فنية مشتركة لإجراء المشاورات الدورية حول القضايا المشروعات ذات الاهتمام المشترك بما في ذلك مياه حوض النيل وتبادل البيانات والمعلومات وتفعيل التعاون والخطط والإجراءات اللازمة لتنفيذ ذلك كله وفقاً لرؤية مشتركة موحدة من الجانبين وبطريقة تمكن الجانبين من العمل معاً من أجل السلام والاستقرار. وينص الاتفاق الإطاري المقترح على القيام بالدراسات والبحوث المتعلقة بإدارة وصيانة وحفظ وتنمية الموارد المائية بحوض نهر النيل خاصة فيما يتعلق بالموارد المائية والبيئية والحياة البرية والنباتية والأنظمة الأيكولوجية والتغيرات المناخية والتغيرات الديموغرافية والمصايد السمكية وغيرها بما يعود بالنفع على الشعبين بجانب الإشراف المشترك لإدارة وتشغيل وصيانة محطات قياس المناسيب والتصرفات بجنوب السودان ووضع خطط لإعادة تأهيلها وإنشاء محطات جديدة تساعد في تنفيذ خطط تنمية الموارد المائية.