بلغت المخالفات المالية بنهر النيل لعام 2009، 1,097,250 جنيهاً، حسب تقرير مدير المراجع العام للحسابات الختامية عمر مكي علي، والذي قدمه لمجلس الولاية التشريعي، وأكد التقرير أن 89% منها تمثل المتبقي من البرنامج الإسعافي للمياه. وأكد التقرير أن 89% منها تمثل المتبقي من البرنامج الإسعافي للمياه ظلت عالقة لعدم قفل حسابات شركة النيل لتوفير المياه والتي صدر قرار بتصفيتها، فيما أورد التقرير حدوث اعتداء على المال العام على مستوى الحكم الولائي بوزارة الصحة بمبلغ 16,091 جنيهاً. وذكر المراجع العام في تقريره أن المراجعة المستندية لمعظم وحدات الولاية "اختبارياً" أوضحت فقدان دفاتر وإيصالات الأورنيك المالي رقم 15 والصرف بموجب الفواتير المبدئية دون النهائية، وعدم ضبط الخزانة يومياً ببعض الوحدات الحكومية، مما نتج عنه عجز بتلك اللوحدات. أجهزة لغير المستحقين " التنفيذ الفعلي لاعتمادات موارد ولاية نهر النيل الخاص بتمويل موازنة العام 2009 البالغ قدرها 551,7 مليون جنيه، لم يتجاوز نسبة 38%، بمبلغ 211 مليون جنيه " وانتقد عمر مكي المخالفات الواردة بشأن منشور استخدام الهاتف السيار الصادر من رئاسة مجلس الوزراء الاتحادي بشراء أجهزة لغير المستحقين وإلحاق ذلك بتجاورات في السقف المحدد لمصروفات الهاتف السيار. وأضاف أن التنفيذ الفعلي لاعتمادات موارد الولاية لتمويل موازنة العام 2009 البالغ قدرها 551,7 مليون جنيه، لم يتجاوز نسبة 38%، بمبلغ 211 مليون جنيه، كاشفاً عن اعتماد الولاية على التمويل الاتحادي بما يعادل 75,5%من إجمالي الموارد المقررة لموازنة الولاية. وأشار مكي لوجود ضعف بائن في الموارد المحلية للولاية البالغة 24,5%، وأوصى تقرير المراجع العام بضرورة الالتزام بالقوانين واللوائح والمنشورات المنظمة للعمل المالي والمحاسبي وتفعيل إدارة التنمية بالولاية لتنفيذ المشروعات الولائية والوقوف على تلك التي تمول اتحادياً.