أفتى رئيس الاتحاد العالمي لعلماء المسلمين بعدم جواز تصويت مسلمي جنوب السودان لصالح انفصال الإقليم عند استفتاء تقرير المصير الذي تبقى على إجرائه أقل من 12 يوماً قائلاً: "لا يجوز للمسلم التصويت لتشرذم المسلمين". وقال الشيخ يوسف القرضاوي، نقلاً عن الجزيرة، إن انفصال السودان سيدعم تشرذم الأمة الإسلامية ولا يجوز للمسلمين التصويت لهذا الخيار والمساعدة في تفتيت وحدة المسلمين. وسبقت الرابطة الشرعية للعلماء والدعاة بالسودان، تلك الفتوى بحديث مماثل واعتبرت عملية الاستفتاء على تقرير مصير الجنوب باطلة إذا أدت إلى انشطار الدولة، محذرة من مخطط أسمته باليهودي، يسعى لتقسيم المنطقة إلى خمس دويلات هزيلة، وطالبت بالتطبيق العاجل للشريعة الإسلامية. ويصوت الجنوبيون في التاسع من يناير على خياري الوحدة أو الانفصال في استفتاء ربما يقود إلى قيام دولة جديدة في الجنوب.