ألغى زعيم تنظيم القاعدة، أيمن الظواهري، دمج "جماعتين جهاديتين" في سوريا والعراق في محاولة منه لإنهاء التوترات المتزايدة بين أعضاء التنظيم. وكشف الظواهري عن قراره في رسالة لقادة جبهة النصرة في الشام و"دولة العراق الإسلامية". ويأتي القرار بعد شهرين من إعلان قائد تنظيم دولة العراق الإسلامية، أبوبكر البغدادي، الاندماج مع جبهة النصرة لتشكيل تنظيم دولة العراق والشام الإسلامية، معتبراً أن جبهة النصرة "ما هي إلا امتداد لدولة العراق الإسلامية وجزء منها". وأدت تلك الحركة -أحادية الجانب- إلى انشقاقات وخلافات بين الأعضاء حول قيادة المعارك وإدارة المناطق التي تقع تحت سيطرة المعارضة في سوريا. واعتبر الظواهري -في رسالته- أن البغدادي "أخطأ" بإعلانه الاندماج دون استشارة قيادة القاعدة أو حتى إخطارها، وقال إن سوريا "ولاية مكانية" لجبهة النصرة ويرأسها أبومحمد الجولاني، بينما يقتصر حكم البغدادي على العراق. وتعتبر جبهة النصرة، التي أدرجتها الولاياتالمتحدة على قائمة المنظمات "الإرهابية" بسبب انتمائها لتنظيم القاعدة، إحدى أكثر الجماعات تأثيراً في سوريا. ولكن بعد أن نشر البغدادي تسجيلاً صوتياً في أبريل معلناً فيه تشكيل "دولة العراق والشام الإسلامية"، رحل العديد من مقاتلي جبهة النصرة، وخاصة غير السوريين منهم، وانضموا للجماعة الجديدة.