نفت جماعة الإخوان المسلمين اتهامات وزارة الداخلية المصرية لها بالضلوع في اغتيال النائب العام هشام بركات في يونيو الماضي. كما نفت حركة حماس الاتهامات المصرية ووصفتها بأنها غير مبررة وغير مقبولة ولا أساس لها من الصحة. وطالبت الجماعة في بيان لها سلطات الانقلاب بالبحث عن الجاني الحقيقي، كما اتهمت في المقابل وزارة الداخلية بتنفيذ عمليات قتل وتصفية وتعذيب لرافضي الانقلاب سواء داخل السجون أو خارجها. وقال القيادي في الجماعة أحمد رامي للأناضول إن "كل ما يصدر عن وزارة الداخلية المصرية ليس محل ثقة في ظل التعذيب الممنهج الذي يمارس في أروقتها"، في إشارة إلى إجبار المتهمين المقبوض عليهم على الاعتراف تحت الإكراه. كما نفت حركة حماس الاتهامات المصرية. وقال المتحدث باسم حركة حماس سامي أبو زهري في تصريحات صحفية "هذه التصريحات غريبة، ونحن نرفض الزج بحماس وقوى المقاومة الفلسطينية في الشأن المصري". وأضاف كنا وما زلنا حريصين على أمن مصر ومعنيين بإقامة علاقات جيدة مع القاهرة بما يخدم الشعبين الفلسطيني والمصري. وكان وزير الداخلية المصري اللواء مجدي عبد الغفار اتهم الأحد جماعة الإخوان المسلمين وحركة حماس الفلسطينية بالتورط في اغتيال النائب العام السابق المستشار هشام بركات الذي قتل جراء استهداف موكبه بسيارة مفخخة في ال29 من يونيو 2015.