يتم تقسيم الثلاثين منتخباً على مجموعتين على حسب تصنيف الكاف يتأهل منها 15 للنهائيات بخروج المهزوم إضافةً لجنوب أفريقيا قرعة المرحلة الأخيرة تجرى في الأسبوع الأول من يوليو وتلعب مبارياتها خلال سبتمبر وأكتوبر 2012م بعث الأستاذ هشام العمراني الأمين العام للإتحاد الأفريقي لكرة القدم بخطاب للإتحادات المنضوية تحت لوائه يوضح من خلاله المعايير التي يتبعها الإتحاد الأفريقي والخاصة بنظام تأهل المنتخبات لنهائيات الأمم الأفريقية في نسختها التاسعة والعشرين والتي سوف تستضيفها جنوب أفريقيا مطلع العام المقبل 2013م مؤكداً على أن 28 منتخباً تشارك فعلياً في الدور الأول للتصفيات المؤهلة للبطولة وقد أدت مبارياتها في الجولة الأولى بتاريخ 29 فبراير 2012 وسوف تلعب الجولة الثانية منتصف شهر يونيو القادم ليتأهل منها أربعة عشر(14) منتخباً لتنضم إلى الستة عشر(16) منتخباً التي تأهلت لنهائيات بطولة الأمم الأفريقية التي إستضافتها غينيا الإستوائية والجابون مطلع العام الحالي 2012م ويخوض الثلاثون (30) منتخباً الجولة الثالثة والأخيرة من التصفيات والتي تلعب بنظام خروج المهزوم من جولتي الذهاب والإياب ليتأهل خمسة عشر(15) منتخباً مباشرةً للنهائيات إضافةً لمنتخب الدولة المضيفة (جنوب أفريقيا) . هذا وسوف يتم تقسيم الثلاثين منتخباً إلى مجموعتين بكل واحدة (15)خمسة عشر منتخباً لكي يقابل فريق من المجموعة الأولى فريقاً من المجموعة الثانية ويتأهل الفائز منهما للنهائيات مباشرةً وذلك بعد إجراء القرعة لتحديد مواعيد مباريات الجولة الثالثة التي حدد لها شهري سبتمبر وأكتوبر 2012م كما حدد الإسبوع الأول من شهر يوليو القادم لإجراء قرعة المباريات الخمسة عشر. وكما جرت العادة فإن تصنيف الإتحاد الأفريقي للمنتخبات هو المعيار الذي سوف يتبع لتسكين المنتخبات في إي من المجموعتين الأولى أو الثانية بحيث يرتكز تصنيف المنتخبات على أدائها في اخر ثلاث نسخ لبطولة الأمم الأفريقية ويتم منح النقاط بإستخدام نظام المعامل على النحو التالي 2012م(مضروب في 3) ,2010م(مضروب في 2) و 2008م (مضروب في 1). وسوف يتم منح النقاط التالية للستة عشر منتخباً التي تأهلت للنهائيات الماضية : يمنح البطل 7 نقاط والوصيف 5 نقاط والمتأهلون للدور نصف النهائي 3 نقاط وتمنح المنتخبات التي تم إقصاؤها من الدور ربع النهائي نقطتان فيما تمنح تلك التي تم إقصاؤها في مرحلة دوري المجموعات نقطة واحدة. ملحوظة :إذا تعادل منتخبان في عدد النقاط في التصنيف أعلاه فسوف يتم جمع النقاط التراكمية لكل المباريات التي لعبها المنتخبان في اخر ثلاث نسخ من البطولة وذلك بمنح ثلاث نقاط للفوز ونقطة واحدة للتعادل ولا نقاط للخسارة. وعلى حسب النظام أعلاه فقد أصدر الإتحاد الأفريقي التصنيف التالي للمنتخبات التي شاركت في اخر ثلاث نسخ للبطولة وعدد النقاط التي تحصلت عليها: زامبيا(26) نقطة غانا(22) ساحل العاج(22) مصر(21) مالي(12) تونس(10) الكميرون(9) أنقولا(9) نيجيريا(8) الجابون(8) السودان(7) الجزائر(6) غينيا الإستوائية(6) غينيا(5) بوركينافاسو(5) السنغال(4) المغرب(4) بنين(3) ليبيا(3) النيجر(3) بوتسوانا(3) ملاوي(2) توغو(2) موزمبيق(2) ناميبيا(1) جنوب أفريقيا(1)