ذكر مساعد رئيس الجمهورية نائب رئيس المؤتمر الوطني د. نافع علي نافع في احتفالية بشندي مع الطائفة القبطية بان الحكومة تسعى لبناء علاقات قوية مع دولة جنوب السودان حال الانفصال وتعزيز التعايش السلمي بين الأديان ووجه نافع انتقادات لاذعة لما اسماها بالجهات التي تسعى لزرع الفتنة بين الأديان واستغلال خطاب رئيس الجمهورية بشأن تطبيق الشريعة الإسلامية، وسخر نافع من الحديث عن حدوث فوضى بالشمال حال الانفصال. وكان البشير اعلن في خطاب جماهيري بالقضارف انه بعد انفصال الجنوب لن يسمح ب (الدغمسة) اي الحديث عن التعدد الديني والثقافي في الشمال ، وانه لن يجامل حينها في تطبيق الشريعة الاسلامية ، والتي تقوم بحسب زعمه اساسا على الجلد والقطع من خلاف وجز الرقاب ، ولا تتضمن مفاهيم مثل الحريات ومساءلة وازاحة الحكام . وقد اثارت تصريحات البشير انتقادات واسعة من القوى المعارضة ، ومن المواطنين غير العرب ، ومجلس الكنائس السوداني ، ومن المنظمات الحقوقية .