أكد مكتب الامين العام للحركة الشعبية باقان أموم استقالته من وزارة حكومة الجنوب ، فيما نفى استقالته من أمانة الحركة . وذكر المكتب في بيان بتاريخ 16 يوليو : ( أن الرفيق باقان أموم يمارس مهامه كأمين عام للتنظيم لتهيئته لمرحلة التحوّل السياسى التى أفرزها ميلاد الجمهورية الجديدة وما يتبعها من تنافس بين قواها السياسية المختلفة) . وباقان أموم من أوائل الذين التحقوا بالمقاومة المسلحة في الجنوب في الثمانينات ، قبل تأسيس الحركة الشعبية والتحاقه بها في بداياتها الاولى . وأهلته صلابته في مواجهة الاعداء وثقافته وقدراته السياسية البارزة وقدرته المميزة على الخطابة ، الى ان يظل مقرباً من الشهيد الدكتور قرنق – زعيم الحركة الشعبية الراحل – لسنوات طويلة ، ضمن الفريق الذي صار يعرف لاحقاً بأولاد قرنق . وفي فترات مد الحركة الشعبية وجزرها ، وصعودها وهبوطها ، ظل باقان حازماً في مواجهة أعداء تحرر الجنوب والمهمشين في السودان . وأثارت استقالة باقان فرح وتهليل العنصريين وأعداء الجنوب في الشمال ، وفي المقابل ، أثارت قلق وتخوف أصدقاء الجنوب . ورغم محاولة التصريحات الرسمية للحركة الشعبية تهدئة اشفاق الاصدقاء ، برد الاستقالة الى قرارات سابقة بتفرغ الامين العام من الوظيفة التنفيذية ، الا ان الاستقالة تشكل جرس انذار بأن الاوضاع في حكومة الجنوب ربما لا تسير في الاتجاه الصحيح . ( نص البيان أدناه) : بيان صحفى من مكتب الأمين العام للحركة الشعبية لتحرير السودان باقان أموم تداولت بعض وسائل الإعلام المحلية أخبار إستقالة الرفيق باقان أموم من منصبيه كأمين عام للحركة الشعبية لتحرير السودان وكوزير مكلف لإتفاقية السلام الشامل وتنفيذ إتفاقية السلام الشامل بحكومة جمهورية جنوب السودان. عليه يود مكتب الأمين العام للحركة الشعبية لتحرير السودان توضيح الحقائق التالية: أولاً: تأكيد إستقالته كوزير للسلام وتنفيذ إتفاقية السلام الشامل بحكومة جمهورية جنوب السودان. ثانياً: على الرغم من أن دستور الحركة الشعبية لتحرير السودان نَصَّ على تفرغ أعضاء سكرتاريتها القومية بمن فيهم الأمين العام؛ للإضطلاع بمهامهم التنظيمية، إلا أن قيادتها قد كلفته بالمنصب الوزارى لمتابعة تنفيذ إتفاقية السلام الشامل وتهيئة الأجواء لإجراء الإستفتاء على حق تقرير المصير لشعب جنوب السودان وهو ما أفرز ميلاد الدولة الجديدة. ثالثاً: ليس صحيحاً ما تم، ويتم تداوله حول إستقالته من منصبه كأمين عام للحركة الشعبية لتحرير السودان. ويؤكد مكتب الأمين العام للحركة الشعبية لتحرير السودان أن الرفيق باقان أموم يمارس مهامه كأمين عام للتنظيم لتهيئته لمرحلة التحوّل السياسى التى أفرزها ميلاد الجمهورية الجديدة وما يتبعها من تنافس بين قواها السياسية المختلفة. هذا وسيعقد الأمين العام للحركة الشعبية لتحرير السودان مؤتمراً صحفياً لتوضيح ملابسات وحيثيات إستقالته من الجهاز التنفيذى، ولتوضيح رؤية الحركة الشعبية لتحرير السودان للمرحلة المقبلة. عاطف كير السكرتير الصحفى مكتب الأمين العام للحركة الشعبية لتحرير السودان جوبا 16 يوليو 2011