تداولت بعض وسائل الإعلام المحلية أخبار إستقالة الرفيق باقان أموم من منصبيه كأمين عام للحركة الشعبية لتحرير السودان وكوزير مكلف لإتفاقية السلام الشامل وتنفيذ إتفاقية السلام الشامل بحكومة جمهورية جنوب السودان. عليه يود مكتب الأمين العام للحركة الشعبية لتحرير السودان توضيح الحقائق التالية: أولاً: تأكيد إستقالته كوزير للسلام وتنفيذ إتفاقية السلام الشامل بحكومة جمهورية جنوب السودان. ثانياً: على الرغم من أن دستور الحركة الشعبية لتحرير السودان نَصَّ على تفرغ أعضاء سكرتاريتها القومية بمن فيهم الأمين العام؛ للإضطلاع بمهامهم التنظيمية، إلا أن قيادتها قد كلفته بالمنصب الوزارى لمتابعة تنفيذ إتفاقية السلام الشامل وتهيئة الأجواء لإجراء الإستفتاء على حق تقرير المصير لشعب جنوب السودان وهو ما أفرز ميلاد الدولة الجديدة. ثالثاً: ليس صحيحاً ما تم، ويتم تداوله حول إستقالته من منصبه كأمين عام للحركة الشعبية لتحرير السودان. ويؤكد مكتب الأمين العام للحركة الشعبية لتحرير السودان أن الرفيق باقان أموم يمارس مهامه كأمين عام للتنظيم لتهيئته لمرحلة التحوّل السياسى التى أفرزها ميلاد الجمهورية الجديدة وما يتبعها من تنافس بين قواها السياسية المختلفة. هذا وسيعقد الأمين العام للحركة الشعبية لتحرير السودان مؤتمراً صحفياً لتوضيح ملابسات وحيثيات إستقالته من الجهاز التنفيذى، ولتوضيح رؤية الحركة الشعبية لتحرير السودان للمرحلة المقبلة. عاطف كير السكرتير الصحفى مكتب الأمين العام للحركة الشعبية لتحرير السودان جوبا 16 يوليو 2011
