أصدرت لجنة البرمجة برنامج مباريات المرحلة الثالثة لمنافسة كأس السودان والتي يشارك فيها الفرق المتأهلة من المرحلة الثانية وعددها (15) فريقاً ، يضاف إليهم (11) فريقاً من الدرجة الممتازة مع استثناء الأول والثاني والثالث من أندية الدرجة الممتاز لموسم 2012م ، وتلعب المباريات التي طرفها أندية الدرجة الممتاز من مباراة واحدة علي أن تلعب بقية المباريات عن طريق (الذهاب والإياب) ، ويراقب مباريات هذه المرحلة سكرتيري الاتحادات المقامة علي أرضهم المباريات ، وتحسم مباريات هذه المرحلة عن طريق فارق النقاط وإذا تساوى الفريقان تُحسم عن طريق فارق الأهداف وإذا استمر التساوي يُعتبر الهدف في أرض الخصم بهدفين وإذا استمر التساوي تُحسم بركلات الترجيح وإذا تعذر ذلك تُجرى القرعة ، أما المباريات التي طرفها أندية الممتاز إذا انتهت المباراة بالتعادل تُحسم بضربات الجزاء . وجاء برنامج المباريات علي النحو التالي :