بعد إعلان رئيس اللجنة العليا عن نتيجة المركز الثاني كانت الصدمة للجميع، وأصاب جميع المنسقين بلجنة الفرز بالذهول، حيث إنهم كانوا يتوقعون الدكتور أبو الفتوح، ولكن أكد رئيس اللجنة العليا بأن الفائز بالمركز الثاني هو الفريق أحمد شفيق، بعد حصوله على 177 ألف و418 صوتا، لتعلو أصوات أعضاء الوطني المنحل الذين أصروا على حضور عمليات الفرز، وقام عدد منهم بالقيام بتعانق الحاضرين بجواره من أعضاء الشعب، وجلسوا يقومون بالقفز مثل الأطفال مرددين «راجعين تاني»، وأخرجوا هواتفهم المحمولة وأجروا اتصالات بغرفة العمليات بالقاهرة لتوصيل النتيجة. وجاءت نتيجة فرز الأصوات كما أعلنها رئيس اللجنة العليا للانتخابات بمحافظة سوهاج، بحصول المرشح أبو العز الحريري على 1958 صوتًا، بينما حصل المرشح محمد عبد الفتاح محمد 1354 صوتًا، وحصل أحمد حسام كمال حامد على 1202 صوت، وحصول المرشح عمرو موسى على 100 ألف و32 صوتًا، وحصل المرشح عبد المنعم أبو الفتوح على 136 ألف 175 صوتا، بينما حصل المستشار هشام البسطويسي على 1178 صوتا، وحصل المرشح محمود حسام الدين محمود على 1450 صوتًا، بينما حصل المرشح محمد سليم العوا على 6107 أصوات، بينما حصل المرشح حمدين صباحي علي 47 ألف و363 صوتا، وحصل المرشح عبد الله الأشعل على 961، وأخيرًا حصل المرشح الدكتور محمد مرسي على 202 ألف و554 صوتا. وبهذه النتيجة، يأتي الدكتور محمد مرسي في الترتيب الأول؛ حيث حصل على أعلى الأصوات بإجمالي 202554 صوتًا، ثم جاء الفريق أحمد شفيق في المرتبة الثانية، حيث حصل على 177418 صوتًا، ثم الدكتور عبد المنعم أبو الفتوح في الترتيب الثالث، وحصل على 136175 صوتًا، ويأتي عمرو موسى رابعًا بإجمالي 10032 صوتًا، وحصل حمدين صباحي على 47363 صوتا.