حصرت مركزية الحزب الاتحادي الأصل بولاية الخرطوم خلافاتها داخل أجهزتها بعد ما أشيع عن وجود خلافات عميقة مع رئيس الحزب مولانا الميرغني بسبب التباين في الطرح حول انعقاد المؤتمر العام للحزب الاتحادي بالمحليات السبع. وقال الأستاذ عبد القادر البرعي الأمين العام لرابطة المعلمين الاتحاديين في تصريح خاص ل(smc) إن ما رشح عن وجود خلافات بين زعيم الحزب ومركزية الخرطوم غير صحيح مبيناً أن هناك أشخاص من عضوية الحزب ينقلون معلومات خاطئة لرئيس الحزب تتعلق بشئون الحزب بعيداً عن المؤسسية. وأكد أن الأسباب تعود إلى توافق مركزية الحزب بالخرطوم على تشكيل لجنة لصياغة بيان لمخاطبة مولانا الميرغني رئيس الحزب تدعوه فيه بالاسراع لقيام المؤتمر العام للحزب مضيفاً أن البيان تمت صياغته لكننا تفاجئنا بامتناع أربعة محليات من جملة سبعة عن تسليم البيان إلى الرئيس ولا ندرى سبب الامتناع لافتاً إلى أن المحليات الرافضة تمثل قطاع أم درمان سيما أنه تم تسريب البيان قبيل موعد تقديمه للرئيس مبيناً أن المعلومات التي نقلت إلى رئيس الحزب تشير إلى أن محلية الخرطوم ضد خطوات الإصلاح وترفض قيام المؤتمر العام للحزب. إلى ذلك أصدر المكتب التنفيذي للرابطة بياناً عقب اجتماعه الدوري الرابع بدار الحزب بالخرطوم أكد فيه دعمه لرئيس الحزب حول سعيه لعقد المؤتمر العام للحزب وعقد المؤتمرات القاعدية. وأمن البيان الذي تحصلت (smc) على نسخة منه اعتماد خطة عمل جديدة تم رفعها لرئيس الحزب ودعم خطة الوحدة للم الشمل الاتحادي وتفعيل اتجاهات القواعد والتنادي لإنجاح المؤتمرات القاعدية وإفساح المجال للشباب والمرأة بوصفهم وقود المستقبل.