شهد تحالف قوى المعارضة خلافات جديدة تهدد عقد مؤتمر السودان الشامل الذي كان من المقرر قيامه بدار حزب الأمة القومي إلاَّ أنه فشل بعد طلب تقدم به حزب الامة لتأجيل عقد المؤتمر وهاجم ممثلي المعارضة حزب الأمة في الاجتماع الطارئ الذي عقدته قوى المعارضة بدار الحزب الشيوعي بعد أن قدم ممثلي الحزب طلب تأجيل المؤتمر إلى ما بعد الاستفتاء مبرراً ذلك بالتغيرات التي تشهدها الساحة السياسية وهو ما يستدعى إدخال تعديلات جوهرية على الأوراق التي ستقدم في المؤتمر. وتباينت مواقف الأحزاب في الاجتماع الذي شهد جدلاً ساخناً ومغادرة د. الشفيع خضر ممثل الحزب الشيوعي للاجتماع غاضباً، في الوقت الذي هاجم فيه ممثل الشيوعي حزب الأمة وأتهمه بالتآمر على قيام المؤتمر. فيما أكد ممثل المؤتمر الشعبي إستحالة قيام المؤتمر في الوقت الراهن بسبب الإنقسام في مواقف المعارضة. من جانبه قال ممثل حزب البعث السوداني حزب الأمة متغلب في مواقفه السياسية وووصفه بالانحياز لمصلحته الخاصة متهماً مبارك الفاضل وياسر عرمان بإتخاذ قرار التأجيل خلال اجتماع عقد بمنزل الصادق المهدي. وأقر الاجتماع تأجيل عقد مؤتمر السودان الشامل وسط إحتجاج بعض ممثلي الأحزاب الذين قالوا إن التحضير لقيام المؤتمر وصل مراحله النهائية وأن التأجيل يعنى فشل المعارضة في الوحدة ضد الحكومة.