تم تكليف د. محمد البخيت البشير أميناً عاماً لمجمع الفقه الإسلامي من قبل البروفيسور أحمد علي الإمام مستشار الرئيس ورئيس مجمع الفقه الإسلامي وذلك بعد اختيار البروفسور أحمد خالد بابكر أميناً عاماً لمجمع الفقه الدولي بجدة. وتولى د. محمد بخيت البشير من قبل مديراً عاماً للشؤون الدينية ثم وكيلاً بالإنابة لوزارة التخطيط الإجتماعي وأميناً عاماً للعقيدة والدعوة ثم عميداً لكلية القرآن الكريم ثم عميداً لمركز الطالبات بجامعة القرآن الكريم ومديراً لمعهد التدريب بالأمارات العربية المتحدة (العين) ومساعداً للأمين العام للدعوة بهيئة علماء السودان.