حذر المؤتمر الوطني من أن قيام علاقات دبلوماسية بين إسرائيل ودولة جنوب السودان "يشكل خطراً عظيماً على العرب والمنطقة برمتها". وقال القيادي بالحزب ربيع عبدالعاطي في تصريحات صحفية "نحن لا نخشى هذه العلاقات على السودان وحده، وإنما نخشاها لتبعاتها على العرب والمسلمين فى كل مكان، وفى أفريقيا بوجه خاص".. داعيا الجميع إلى الانتباه أن هذا الذى يجرى يتهددهم جميعا، وأن الأمر أصبح أكثر خطورة من أى وقت مضى". وأضاف عبد العاطى "أننا تركنا وحدنا نغالب هذه الإستراتيجية لفترة طويلة جدًا، والعالم العربى والإسلامى لم يقدم ما يمكن أن يوقف هذه المخططات.. واعتبر أن جنوب السودان بعد الإعلان رسمياً عن العلاقات الدبلوماسية بينه وبين إسرائيل "تحول إلى صورة مصغرة للسياسات الأمريكية والإسرائيلية والغربية فى أفريقيا".