كشف مصادر بجهاز الأمن والمخابرات الوطني، عن دعم جوبا للمتمردين ضد الخرطوم عقب إتفاق التعاون، بأعداد من سيارات الدفع الرباعي سلمت مؤخراً لحركة مني اركو مناوي، ومتمردى قطاع الشمال، ويجري الآن تسليم أعداد اخرى من السيارات لحركة العدل المساواة وعبد العزيز الحلو. ووفقا للمصادر نفسها، فقد شمل الدعم توفير كميات من الأسلحة والذخائر واستمرار عمليات التدريب بمعسكرات راجا وطمبرة ومناطق نيم وفارينق بولاية الوحدة، في مسعى لتكوين قوة أخرى والدفع بها إلى داخل السودان، كما تم مع القوات التي هاجمت مناطق ام روابة وابوكرشولا، وشمل الدعم توفير الوقود وفتح مستشفيات عسكرية داخل دولة الجنوب لاستقبال جرحى المتمردين السودانيين. ووفقا لجهاز الأمن والمخابرات الوطني، فإن حكومة جنوب السودان استخرجت وثائق سفر اضطرارية لعدد من جرحى حركات التمرد ممن تم إخلائهم من جنوب كردفان، ونقلتهم إلى مستشفيات ببعض الدول الافريقية، هذا بالإضافة إلى تخصيص منازل ببعض احياء العاصمة جوبا لاستضافة قادة ميدانيين وعسكريين من حركات دارفور وقطاع الشمال. وأكد جهاز الامن والمخابرات الوطني، أن حكومة الجنوب وفرت أموالاً لمقابلة قوات المتمرد عبدالعزيز الحلو وقوات مني اركو مناوي، إلى جانب سماح سلطات جنوب السودان لقادة المتمردين السودانيين بالتحرك والتواجد في منطقة (الجاو) على الحدود بين ولاية الوحدة وولاية جنوب كردفان، لتتحرك قيادات التمرد بين مناطق (بانتيو، ربكونا، فارينق، فنجق ونيم،. وأشارت المصادر نفسها، أن الفريق ماج بول مسئول الإستخبارات بالجيش الشعبي، يشرف على عمليات إمداد قوات الحركة الشعبية بالأسلحة والذخائر، عبر منطقة (الجاو) ومعسكر (ديدا) للنازحين، حيث يتم إيصال الدعم لمتمردى قطاع الشمال باعتباره دعم للجبهة الثورية من أبناء النوبة بالخارج. ودعا جهاز الأمن والمخابرات الوطني، حكومة الجنوب للكف عن التورط في دعم المتمردين السودانيين، باعتبار إنه يهدد سير تنفيذ جميع اتفاقيات التعاون المشترك بين الخرطوموجوبا، ويعيد الدولتين لمربع الحرب. ووفقاً للمصادر فإن الخرطوم سبق وأن لفتت نظر جوبا مراراً لخروقاتها في شأن دعم المتمردين، مع تأكيدها على التزام السودان بإنفاذ ما يليه من التزامات، تتعلق باتفاق التعاون والمصفوفة بكافة بنودها الأمنية، او تلك المرتبطة بملف النفط. إلى ذلك حذرت مصادر سياسية، من إستمرار دعم دولة الجنوب لمتمردى الجبهة الثورية وحركات دارفور داخل الأراضي السودانية، رغم اتفاقية التعاون المشترك بين السودان وجنوب السودان والمصفوفة، التي أعلنت لتجاوز العقبات العالقة بين البلدين.