قالت منظمة هيومن رايتس ووتش إن السودان لا يزال يحتجز عشرات الأشخاص دون أن توجِّه لهم السلطات تُهما، على خلفية احتجاجات سبتمبر 2013، واضافت إن بعض المعتقلين الذين أطلقت السلطات سراحهم أفادوا بتعرضهم للضرب خلال فترة احتجازهم . وطالبت الحكومة بتوجيه تهم إلى المعتقلين أو إخلاء سبيلهم، وفتح تحقيقات بشأن ادعاءاتهم بتعرضهم لسوء المعاملة والتعذيب، ومحاسبة أي مسؤول يثبت تورطه . وقال ستة أشخاص من جملة 11 معتقلاً سابقاً تحدثت إليهم هيومن رايتس ووتش إنهم تعرضوا للضرب عندما كانوا في الحجز. وقال آخرون إنهم شاهدوا مسؤولين في جهاز الأمن يعتدون بالضرب على معتقلين آخرين، كما أفادوا أيضاً بأنهم شاهدوا إصابات على أجساد معتقلين يُعتقد أنها حدثت نتيجة للضرب الذي تعرضوا له . وقال دانيال بيكيل، مدير قسم أفريقيا في هيومن رايتس ووتش : "تحتجز السلطات السودانية عشرات الأشخاص فقط بسبب آرائهم السياسية. يجب أن توقف السلطات السودانية فوراً أي نوع من سوء المعاملة بحق المعتقلين وأن توجّه لهم تهماً أو تطلق سراحهم" . وكانت قوات الأمن السودانية قد قامت باعتقال ناشطين سياسيين معروفين وأعضاء في أحزاب سياسية معارِضة ومحتجّين قبل وخلال الاحتجاجات وبعدها، ويُقدّر عدد المعتقلين، وفقاً لمنظمات حقوقية سودانية، بما يزيد على الثمانمائة شخص. وعلى الرغم من أن غالبية المعتقلين قد أُطلق سراحهم خلال أيام من اعتقالهم، فإن جهاز الأمن والمخابرات الوطني اعتقل كثير من الأشخاص لفترات امتدت لأسابيع في مراكز اعتقال تابعة له أو في السجون النظامية . ورغم إطلاق سراح كثير من المعتقلين خلال عطلة عيد الأضحى وبعدها، في أكتوبر، فإن عشرات المعتقلين لا يزالون قيد الاحتجاز بسبب آرائهم السياسية دون أن توجه لهم السلطات تُهم ودون أن تسمح لهم بمقابلة محامين أو زيارات أسريّة. وكانت احتجاجات شعبية قد اندلعت في العاصمة الخرطوم ومدن أخرى في 23 سبتمبر ، عقب إعلان الرئيس عمر البشير عن رفع الحكومة للدعم عن الوقود ونيتها رفع الدعم عن سلع أخرى. واتخذت بعض المظاهرات طابعاً عنيفاً بإضرام متظاهرين النار في محطات للوقود وبعض أقسام الشرطة ورشق قوات الشرطة والأمن بالحجارة. ردت الحكومة باستخدام مفرط للقوة وأطلقت قواتها الذخيرة الحية وقنابل الغاز المسيل للدموع على المتظاهرين، ما أسفر عن مقتل وجرح العشرات . وطلبت هيومن رايتس ووتش ومنظمات حقوقية أخرى في الاول من نوفمبر الجارى من المفوضية الأفريقية لحقوق الإنسان والشعوب إجراء تحقيق حول قتل أكثر من 170 من المحتجّين في السودان، بمن في ذلك صِبْيَة، لقي معظمهم مصرعه بالرصاص لدى إطلاق قوات الأمن الذخيرة الحيّة على المتظاهرين. وقالت هيومن رايتس ووتش إن تحقيق المفوضية الأفريقية يجب أن يشمل أيضاً ادعاءات سوء المعاملة والتعذيب بحق المعتقلين . ونفى مسؤولون سودانيون تورط قوات الأمن في قتل المحتجّين، لكن النائب الاول للرئيس اعترف فى مقابلة مع قناة "الجزيرة" هذا الشهر ان عدد القتلى نحو 80 قتيلا واعلن وزير العدل في 4 نوفمبر أن وزارته بصدد إجراء تحقيق حول 84 حالة قتل. وتقول جماعات حقوقية إن عدد الأشخاص الذين لقوا مصرعهم أكبر من ذلك بكثير، وقال مسؤول في نقابة الأطباء السودانية أن عدد القتلى 210 شخصاً. وقالت هيومن رايتس ووتش إن التحقيق يجب أن يشتمل أيضاً على الادعاءات بشأن سوء المعاملة وتعذيب المعتقلين . وتشتمل قائمة المعتقلين الذي لا يزالون قيد الاحتجاز على خلفية احتجاجات سبتمبر، على الصحفي بجريدة "الأخبار" محمد علي محمدو، الذي يتحدّر من دارفور، إذ تم اعتقاله منذ 25 سبتمبر ، ومحمد فاروق سليمان، العضو البارز في حزب التحالف الوطني السوداني، الذي تم اعتقاله منذ 11 نوفمبر بعد أسابيع من استجوابه واستدعائه بواسطة جهاز الأمن والمخابرات الوطني. ولا تزال جهة اعتقال سليمان غير معروفة . ولا يزال ستة طلاب على الأقل من دارفور قيد الاحتجاز على خلفية الاشتباه في انتمائهم إلى جماعة طلابية مؤيدة للجبهة الثورية التى تحمل السلاح ضد الحكومة إذ جرى اعتقالهم خلال شهري سبتمبر وأكتوبر ، ولا يزالون قيد الاحتجاز بمكاتب جهاز الأمن والمخابرات الوطني في الخرطوم بحري. كما يخضع للحبس في القسم التابع لجهاز الأمن المخابرات الوطني بسجن كوبر سبعة أشخاص أصولهم من جنوب السودان، تم اعتقالهم أواخر سبتمبر بسبب مشاركتهم في الاحتجاجات. لم تتضح ظروف ومبررات هذه الاعتقالات، إلا أن معتقلاً سابقاً تم إطلاق سراحه أبلغ هيومن رايتس ووتش بأن بعض المعتقلين الذين رآهم في سجن كوبر يبدو أنهم قد تعرضوا للضرب . كما أن أشخاصاً سبق اعتقالهم على خلفية تلك الاحتجاجات واُطلق سراحهم في أوقات متفرقة خلال شهر أكتوبر أبلغوا هيومن رايتس ووتش بأن سلطات الأمن قد حقّقت معهم حول دورهم في تنظيم الاحتجاجات وعلاقاتهم بعدة مجموعات، لا سيما حركة "التغيير الآن"، وهي حركة شبابية تنادي برحيل الحكومة الحالية، كما تم التحقيق مع المعتقلين حول علاقتهم مع أحزاب معارِضة أو حركات متمردة . كان طالب دارفوري، يبلغ من العمر 22 عاماً، تم اعتقاله في سنار ونُقل إلى الخرطوم قد أبلغ هيومن رايتس ووتش بأن عناصر جهاز الأمن والمخابرات الوطني قد اعتقلوه في الخرطوم بحري واعتدوا عليهم بالضرب واتهموه بالارتباط بالجبهة الشعبية المتحدة، وقال الطالب المذكور في معرض إفادته ل هيومن رايتس ووتش: "تعرضت لضرب مبرح. سألوني لماذا اتفق مع المتمردين في سعيهم لتغيير النظام". وأطلقت السلطات سراح الطالب المذكور بعد أربعة أيام . واعتقل أفراد من جهاز الأمن والمخابرات أيضاً طالباً يبلغ من العمر 20 عاماً من سوق الكلاكلة بالخرطوم، في 27 سبتمبر ، وتم احتجازه في مقر جهاز الأمن، حيث خضع لاستجواب بشأن مشاركته في الاحتجاجات وعلاقته بمحتجّين دارفوريين. وقال هذا الطالب ل هيومن رايتس ووتش إنه تعرض للضرب على مدى ساعتين، وتم إطلاق سراحه بعد يومين . وقال عضو في الحزب الاتحادي الديمقراطي المعارض يتحدّر من دارفور إن سلطات الأمن اعتقلته في 22 سبتمبر وظل قيد الاحتجاز في سجن كوبر لأكثر من شهر. وأفاد كذلك بأنه تعرض للضرب خلال استجوابه بواسطة سلطات الأمن حول علاقته بجماعات التمرد. وقال في معرض حديثه ل هيومن رايتس ووتش": "تعرضت للضرب بالعصي وخراطيم البلاستيك لمدة أربعة أيام متوالية، واضطررت للبحث عن علاج طبي لإصابة في رأسي" . اعتقلت أفراد جهاز الأمن والمخابرات الوطني عضو بالحزب الشيوعي السوداني يبلغ من العمر 30 عاماً من مدينة القضارف في 28 سبتمبر وتم نقله إلى العاصمة الخرطوم، حيث تم استجوابه حول بيانات الحزب الشيوعي التي تدين الحكومة. وقال المذكور ل هيومن رايتس ووتش إن أفراد الأمن اعتدوا عليه بالضرب بالعصى والخراطيم البلاستيكية واستجوبوه حول الاشخاص الذين يقفون وراء تنظيم المظاهرات بمدينة القضارف . معروف عن جهاز الأمن والمخابرات الوطني ممارسته لسوء المعاملة والتعذيب بحق المعتقلين السياسيين، بمن في ذلك المحتجّين الشباب. إذ يمنح قانون الأمن الوطني السوداني سلطات الأمن الحق في احتجاز الأشخاص لمدة تصل إلى أربعة أشهر ونصف الشهر بدون توجيه تهمة أو اتخاذ إجراء قضائي، الأمر الذي يخالف المعايير الدولية لحقوق الإنسان. وكانت هيومن رايتس ووتش وجماعات حقوقية أخرى قد ظلت تناشد السودان بإجراء إصلاحات على القانون وفقاً للمعايير الدولية . وقال دانيال بيكيل : "الاعتداءات التي نقلها لنا معتقلون سابقون تثير مخاوف جديّة إزاء سلامة المحتجّين الذين لا يزالون قيد الاعتقال"، وأضاف: "إذا تم تحقيق حول هذه الادعاءات وجرت محاسبة للمسؤولين عن الاعتداءات، فسيصبح بوسع القادة السودانيين توجيه رسالة واضحة مفادها أن الاعتداء على المعتقلين أمر لن يكون معه تسامح" .