اطاح البشير بقيادات كبيرة في هيئة اركان الجيش ، وقضى التغيير في هيئة اركان القوات الحكومية المسلحة بتعيين الفريق أول مهندس ركن مصطفى عثمان عبيد رئيسا للهيئة والتي كان يشغلها الفريق أول عصمت عبدالرحمن رئيس هيئة الأركان المشتركة. و صدر قرار قبل قليل من وزارة الدفاع بإقالة عدد من قيادات الجيش في هيئة الأركان.. والضباط الذين تم إقالتهم هم: الفريق اول / عصمت عبدالرحمن الفريق اول/ علي الشريف الفريق اول طيار/ احمد علي .. هذا وقد جاء في حيثيات القرار أن إقالة هؤلاء الضباط تمت بسبب بلوغهم سن التقاعد علماً بأن هناك ضباطا أكبر منهم سناً لا يزالون في الخدمة العسكرية ..كما ذكر القرار أن هؤلاء الضباط تمت احالتهم الي المعاش بعد خدمه طويله ممتازه في سلك القوات المسلحه السودانيه..