قال مدير جامعة الخرطوم البروفسير احمد محمد سليمان ، ان مباني وممتلكات الجامعة "مجمع السنتر بالخرطوم" تعرضتا للتخريب والسرقة والنهب من قبل المعتصمين في محيط القيادة العامة ، مشيراً الي ان الخسائر التي تم حصرها تقدر قيمتها بعشرات المليارات من الجنيهات. وطالبت ادارة جامعة الخرطوم في خطاب بعث به مدير الجامعة لرئيس المجلس العسكري الانتقالي ، عبر وزير التعليم العالي والبحث العلمي المكلف ، طالبت المجلس العسكري بتأمين مباني وممتلكات الجامعة ، خاصة بعد انسحاب الحرس الجامعي والقوات الشرطية بعد تعرضهم للضرب والاعتداء والتهديد من قبل المعتصمين. كما طالب مدير الجامعة باخراجها من دائرة الاعتصام ، وتسهيل الوصول اليها والخروج منها بأمان تام. وحسب الخطاب فان التخريب والاتلاف قد طال مسجد جامعة الخرطوم وكليات (الهندسة - الاداب - علوم البيئة والجغرافيا - قسم الدراسات الاسلامية - معهد اللغة الانجليزية) بالاضافة لأمانة الشؤون العلمية وعمادة شؤون الطلاب ودار الخريجين ومكاتب الحرس الجامعي. واشار الخطاب الي ان المعتصمين تسببوا في اتلاف وسرقة العديد الاثاثات والمباني والمعدات الكهربائية والحواسيب والطابعات وشاشات العرض والادوات المكتبية والاواني المطبخية ، ووحدات الصوت بالقاعات التي تم تدمير عدد كبير منها ، وتم تكسير عدد من الخزن ونهب المبالغ المالية الموجودة بها ، و (47) سرير خاصة بالرحلات العلمية للطلاب ، فضلاً عن سرقة آلات موسيقية خاصة بموسيقي الحرس ، واضاف تم سحب بوكس إدارية من داخل مباني الجامعة واستخدامها من قبل الثوار. وتسبب المعتصمين كذلك في تحطيم السور الجنوبي للميدان الشرقي لجامعة الخرطوم وفقدان كل الهياكل الحديدة للسور.