قفل حزب المؤتمر الوطني الباب أمام أي اتجاه يقضي بتفعيل لاتفاق الحريات الأربعة مع الحركة الشعبية إذا جاءت نتيجة الاستفتاء مرجحة لخيار الانفصال . وقال أمانة المنظمات بالمؤتمر الوطني د.قطبي المهدي أمين في تصريح صحفي أن الحريات الأربعة لايمكن ان تطبق بصورة عملية بين شمال وجنوب السودان في حالة الانفصال. وعلي صعيد آخر قال أمين أمانة الإعلام بحزب المؤتمر الوطني فتح الرحمن شيلا في تصريح صحفي أن المؤتمر الوطني قرر عدم الدخول في تفاصيل تأجيل ترسيم الحدود أو الاستفتاء عملاً بأحكام ولوائح اتفاقية السلام الشامل ، مشيراً إلي أن هناك التزامات واستحقاقات دستورية لايمكن التراجع عنها بنص الاتفاقية. وقال شيلا ان المؤتمر الوطني لن يكون طرفاً في أي تأجيل لترسيم الحدود او الاستفتاء خاصة فيما يلي الإجراءات الفنية واللوجستية ، مشيراً الي ان هذه المسائل تختص بالمفوضيات ولا دخل للوطني او الأحزاب فيها ، وأضاف أن أي تأجيل او تأخير في الاستفتاء وترسيم الحدود متروكة تقديراته للمفوضيات ورئاسة جمهورية السودان.