انتقد تجمع المهنيين السودانيين مشاركة ممثلي قوى الحرية والتغيير في مجلس السيادة بحملة لقوات "الدعم السريع" هدفت لمكافحة الأمراض بعدد من الولايات، ووصف الخطوة بأنها " لم تكن موفقة". وظهر أعضاء المكون المدني في مجلس السيادة عائشة موسى ومحمد الفكي سليمان وحسين قاضي ورجاء نيكولا أثناء تدشين "الدعم السريع" قوافل صحية تهدف لمكافحة مرض الكوليرا بولايتي سنار والنيل الازرق وحمي (الضنك) والشكوكونيا بولايتي كسلا والبحر الأحمر برعاية مباشرة من عضو مجلس السيادة محمد حمدان دقلو واشراف لجنة الصحة بمجلس السيادة. ورأى تجمع المهنيين أن التعامل مع الكوارث الصحية "يقع ضمن الاختصاص المباشر لوزارة الصحة الاتحادية ووزارات الولايات المعنية، وأن كل موارد الدولة لمجابهة هذه الكوارث يجب أن توضع بالأساس تحت تصرف وزارة الصحة". وأشار في بيان اطلعت عليه "سودان تربيون" أن كل المبادرات من خارج عباءة وزارات الصحة المعنية يجب أن تكون بإشراف وتنسيق هذه الوزارات. وتابع " لا يجوز لأية جهة سواء في الداخل أو الخارج أن تتدخل مباشرة بأي شكل دون أن تضع إمكاناتها تحت خدمة وتوجيه الوزارات المعنية". ولفت الى أن الحملة بدت كما لو كانت مسرحاً للتعامل المباشر من قوات الدعم السريع مع الوضع الصحي في الولايات المعنية، وفي غياب إدارات الصحة في المستوى الاتحادي أو الولايات المعنية. وطبقا للبيان فإن مجلس السيادة وأعضائه المدنيين ممثلي قوى الحرية والتغيير على الخصوص ينتظر منهم العمل على تعزيز مبدأ وثقافة فصل السلطات، لا مُباركة التجاوزات وسياسة ملء الفراغ كيفما كان. وأردف "غني عن القول إن قضية الصحة برمتها ليست من اختصاص مجلس السيادة". وتنظر العديد من الأوساط السياسية ومجتمعات الناشطين في السودان بعين من الريبة لقوات الدعم السريع في أعقاب اتهامها بالتورط في فض اعتصام القيادة العامة والتسبب في اغتيال عشرات المعتصمين، استنادا على صور ومقاطع جرى بثها من موقع الاعتصام بينما يتبرأ قادة هذه القوة من الحادثة ويؤكدون أن ايادي أخرى كانت وراء الأحداث. ويشار الى أن الوثيقة السياسية الموقعة بين المجلس العسكري وقوى الحرية والتغيير تحدثت عن شراكة بين الطرفين طوال الفترة الانتقالية التي تمتد لنحو 3 أعوام، على أن تكون مهام مجلس السيادة في غالبها ذات طابع تشريفي.