بالإضافة إلى منطقة أبيي الشهيرة, تتنازع حكومتا السودان وجنوب السودان على بعض المناطق الحدودية دون التوصل حتى الآن لتوافق بشأن تبعيتها لأي منهما. وتكتسي المناطق المتنازع عليها -الحدود التي يبلغ طولها 1800 كلم- بين الدولتين أهمية خاصة لتميزها بالكثافة السكانية التي تتجاوز عشرة ملايين شخص ووفرة المياه والثروة الحيوانية، بجانب ما يقال عن توفر عدد من الموارد الطبيعية الأخرى. والمناطق المعنية هي وفق الترتيب التالي: دبة الفخار هي منطقة تقع على بعد أربعة كيلومترات جنوب منطقة جودة بولاية النيل الأبيض على النيل الأبيض. ويتمحور الخلاف فيها حول مساحة لا تتعدى كيلومترين شمالا وجنوبا. تستند حكومة الخرطوم في دفوعاتها بتبعية المنطقة إلى وثيقة صادرة عام 1920م ولم تلغ حتى إعلان استقلال السودان في يناير/ كانون الثاني 1956. وفي يوليو/ تموز 1956 حدث تغيير إداري بالحدود، تعتبره الحكومة السودانية غير ملزم ولا يؤخذ به في القانون الدولي، كما أن اتفاقية نيفاشا للسلام حددت ترسيم الحدود كما هي عند استقلال السودان. جبل المقينص تقع منطقة جبل المقينص في مساحة حدودية بين ثلاث ولايات هي النيل الأبيض وجنوب كردفان بالسودان، وولاية أعالي النيل بجنوب السودان. المنطقة ذات تداخل قبلي يشمل قبائل الكواهلة وكنانة والأحامدة وبعض القبائل الصغيرة، بجانب قبيلتي الشلك والدينكا الجنوبيتين. يدور الخلاف بين الطرفين بالمنطقة -التي تبعد نحو 147 كلم جنوب غرب مدينة كوستي بولاية النيل الأبيض- حول أربعة كيلومترات بسبب تفسير خاطئ لترجمة كلمة about حيث فهم الجنوبيون أن المعني هو وقوع المنطقة شمال خط 12 مع العلم أن المعني هو جنوب خط 12. كاكا التجارية منطقة تجارية حدودية تفصل بين ولايتي جنوب كردفان وولاية أعالي النيل بين خطي عرض 10 - 11. تعتمد الحكومة السودانية في موقفها على وثيقتين من الحاكم العام قبل استقلال السودان حيث قضى بنقل كاكا التجارية من أعالي النيل إلي جنوب كردفان عامي 1923 و1929 ولم تلغ تلك الوثائق حتى الآن. بينما تعتمد حكومة جنوب السودان في وثائقها على خريطة السودان وجنوب السودان. كافي كنجي-حفرة النحاس منطقة تقع في بجنوب دارفور. وهي عبارة عن متوازي أضلاع تبلغ مساحته 13 كلم2. تسكنها قبائل دارفور. تعتمد الحكومة السودانية في موقفها منها على وثيقة صادرة عام 1944 من مدير مديرية دارفور إلى نظيره في بحر الغزال يطلب فيه إدارة حفرة النحاس-كافي كنجي إنابة عنه لأنها تبعد عنه قليلا وتنقطع عنه في فصل الخريف. وترى الحكومة السودانية أنها وضعت خطأ ضمن حدود الجنوب في الخريطة اللاحقة بينما تثبت الوثائق التي بيدها عكس ذلك.
