نصت الوثيقة الدستورية للفترة الانتقالية التي توافق عليها المجلس العسكري الانتقالي وقوى إعلان الحرية والتغيير على إنشاء آليات للإعداد لوضع دستور دائم وعقد المؤتمر القومي الدستوري قبل نهاية الفترة الانتقالية إلى جانب سن التشريعات المتعلقة بمهام الفترة الانتقالية . جاء ذلك في المادة السابعة من الوثيقة الدستورية حول مهام الفترة الانتقالية والتي تلزم أجهزة الدولة بإنفاذ مهام محددة في الفترة الانتقالية والتي من بينها وضع برنامج لإصلاح أجهزة الدولة خلال الفترة الانتقالية بصورة تعكس استقلاليتها وقوميتها وعدالة توزيع الفرص فيها دون المساس بشروط الأهلية والكفاءة على أن تسند مهمة أعمال إصلاح الأجهزة العسكرية للمؤسسات العسكرية وفق القانون. وتشمل مهام الفترة الانتقالية وضع سياسة خارجية متوازنة تحقق المصالح الوطنية العليا للدولة وتعمل على تحسين علاقات السودان الخارجية وبنائها على أسس الاستقلالية والمصالح المشتركة بما يحفظ سيادة البلاد وأمنها وحدودها.. وتشمل مهام الفترة الانتقالية أيضا تفكيك بنية التمكين لنظام الثلاثين من يونيو 1989 وبناء دولة القانون والمؤسسات. وتضيف سونا أن الفترة الانتقالية تسعة وثلاثون شهرا ميلاديا تسري من تاريخ التوقيع على الوثيقة الدستورية وتكون الأولوية خلال الستة أشهر الأولى من الفترة الانتقالية للعمل الجاد لأجل إحلال السلام طبقا لما يرد في برنامج الفترة الانتقالية في هذا الشأن.
