الترتيبات التي طرحها المجلس الأعلى للاستثمار لإنشاء المناطق والأسواق الحرة في المعابر الحدودية مع دولة الجنوب لتنشيط عملية التجارة المحلية تعد خطوة مهمة لتفعيل العلاقات الاقتصادية والتجارية مع الجنوب لضمان تصدير البضائع وتحقيق الانتعاش المطلوب لاقتصاد كلتا الدولتين وقد اتخذت وزارة التجارة ترتيبات محددة لانسياب التجارة مع جنوب السودان تمثلت في مكافحة التهريب وتنظيم تجارة الحدود و تنظيم الأسواق وضبط السلع وقد أعدت الوزارة برنامجها التفاوضي لتسهيل حركة التجارة في إطار تنفيذ اتفاقية التعاون المشترك حيث تم إعداد مسودة اتفاقية تعاون ثنائي في مجالات التبادل التجاري الحر اتفاقية الترانزيت واستخدام الموانئ وتسهيل حركة البضائع للصادر والوارد والتعاون في مجال النقل البري والتعاون الدولي في الجمارك وتبادل المعلومات ومحاربة التهريب والاتجار غير المشروع والترتيب المصرفي وتحقيق الأمان في تسوية المدفوعات لحركة الصادر والوارد وإنشاء مناطق لتبادل السلع بين البلدين، وعلى حسب حديث مدير إدارة عمليات المناطق والأسواق الحرة بالجهاز القومي للاستثمار منتصر خالد فإن الغرض من إنشاء المناطق والأسواق الحرة بالمعابر الحدودية لدولة الجنوب لتنظيم وتطوير حركة التجارة ما بين البلدين واستقطاب شركات عالمية لجودة المنتج المصدر وتنشيط استخدام المواد المحلية المتوفرة من الولايات الحدودية لدولة الجنوب وخلق فرص واسعة بالنسبة للمزارعين وقال إن فتح المناطق والأسواق الحرة بالحدود سيتم استناداً لقانون المناطق والأسواق الحرة للعام «2009م». ويرى الخبير الاقتصادي أحمد مالك إن فكرة إنشاء مناطق الأسواق الحرة وإنشاء المعابر فكرة جيدة ولكن ينقصها التنفيذ، وقال إن دولة جنوب السودان تمثل كنزًا طبيعيًا للاقتصاد السوداني، وقال إن معظم السلع الموجودة الآن تباع بأسعار لا تستفيد منها دولة السودان وتذهب إلى جيوب التجار مشيرًا لأهمية موافقة دولة الجنوب على الأمر لتعظيم الفائدة عن طريق تنظيم تجارة السلع بدلاً من تهريبها عبر الحدود المفتوحة بين البلدين، ووصف الخطة بأنها أتت متأخرة لأن عملية التجارة تحتاج إلى التنظيم المبكر ووضع القوانين والضوابط الصارمة لأحكام المخالفات، وقال إن الضوابط الموجودة للتجارة عقيمة مما ادى إلى نوع من الخلل وممارسة التجار للتهريب مما أدى إلى ضعف الجنيه السوداني أمام العملات الأجنبية، وقال: «مؤسساتنا غير قادرة على تنسيق التجارة بشكل منظم» وأي دولة لا تملك مؤسسات فاعلة وقادرة على التنظيم لا يمكن أن تقوم بدورها الكامل لافتًا إلى عدم الاستفادة من الميزان التجاري بسبب عملية تهريب البضائع في المعابر الحدودية والتي تحتاج إلى مزيد من الضبط مطالبًا بإعادة وزارة التعاون الدولي لتنشيط العمل التجاري مع الدول.
