وجه المؤتمر الشعبي انتقادات لاتفاقية الدوحة وقال إن الاتفاق وقع مع فصيل ضعيف وليس له أثر على الأرض واصفاً أياه بالضيعة الحكومية. وأشار إلى أن شراكة مسبقة تمت بين الدكتور التجاني سيسي رئيس حركة التحرير والعدالة والحكومة في العام 2005 عندما التقى بمسؤول حكومي رفيع كوّن على إثره حركة التحرير والعدالة وقال المهندس علي شمار أمين الاتصال بالحزب في منبر أمانة شباب الحزب بمركزه العام أمس إن اتفاقية الدوحة تواجه مهددات عديدة وأن الحكومة لن تلتزم بما اتفقت عليه لأنها تكرس جهودها الآن إلى حل قضايا الخرطوم والنيل الأزرق وجنوب كردفان وشرق السودان وأن دارفور آخر أولوياتها وحذر من الاعتماد على المانحين لإعمار دارفور وعلى الدعم الخارجي وأن ذلك سيجعل مصير الاقليم على نحو ما حدث في جنوب السودان بعد أن عجز المانحون في أوسلو من سداد الأموال التي خصصت للجنوب. وقال شمار إن الحكومة بدأت في التجاوزات بعدم تسليمها مبلغ (200) مليون دولار لصندوق إعمار دارفور مبيناً أن وثيقة الدوحة لا علاقة لها بالدستور وأن مرجعيتها دستور 2005 ونبه لخطورة تقسيم ولايات دارفور الذي قال إنه جاء على أساس قبلي.وفي السياق ذاته شكك عبد الله الدومة أمين الحزب بولاية شمال دارفور في مصداقية الحكومة في منح السلطة الانتقالية مليارات الدولارات للبدء في انفاذ الوثيقة وحذرها من الإصرار على المعالجات الأمنية للأزمة. وتوقع الدومة نشوب خلافات بين المؤتمر الوطني والتحرير والعدالة مشيراً لتردي الأوضاع بالإقليم موضحاً أن اتفاق الدوحة تنقصه الشفافيه لأن أهل المصلحة لم يملكوا تفاصيلها حتى الآن وعاد وقال إن الوثيقة جاءت مشوهة متهماً الحكومة والوساطة بعدم الجدية في الاتصال بالحركات غير الموقعة من أجل أن تلحق بالعملية السلمية.