رغم الاجماع الواسع الذي وجده اتفاق التعاون المشترك بين السودان ودولة جنوب السودان واستبشار المراقبين السياسيين بأن كل القضايا العالقة سوف تجد طريقها للحل غير أن الشاهد على مسار تطبيق هذا الاتفاق يلاحظ عملية البطء في التنفيذ وفشل الاجتماع الأول للجنة الأمنية والذي انفض دون الوصول لنتيجة بعد الاختلاف حول أجندته وفيما يتعلق بمطالبة الحكومة بادراج فك الارتباط مع الحركة الشعبية قطاع الشمال وطرد الحركات المتمردة ورفضت جوبا ذلك رغم وعدها السابق في أثناء المفاوضات وجاء ذلك أيضا في حديث نائب الرئيس الدكتور الحاج آدم في بورتسودان والذي ربط عودة العلاقات مع جوبا بمسألة فك الارتباط مع قطاع الشمال وعدم تقديم الدعم لهم من جوبا يرى مراقبون سياسيون أن قطاع ال شمال الحركة الشعبية يمثل العقبة الكؤود في عودة العلاقات ما بين السودان وجنوب السودان حيث تمثل الجانب المتعلق بالأمن والاستقرار لأنها لا تزال تمارس نشاطها العسكري من داخل أراضي دولة جنوب السودان وتضرب بصواريخها مدن جنوب كردفان وحتى دارفور متخذة من الدعم اللوجستي الذي تقدمه لها جوبا سندا عسكريا لزعزعة الأمن وشغل حكومة الخرطوم بمعارك استنزافية مرهقة ورغم اعلان جوبا تمسكها باتفاق التعاون المشترك واعترافها بأن الحوار هو الوسيلة لحل كافة القضايا غير أن القول لا يتبعه الفعل بحسب مراقبين سياسيين في البلدين والذين يرون أن على الخرطوموجوبا الالتزام بما تم توقيعه حتى لاتعود الأوضاع الى سابق عهدها مشيرين أن ذلك ضروري لحاجة البلدين لدعم الاقتصاد عندما تتم عملية ضخ البترول والتعاون التجاري المتبادل.. أستاذ العلوم السياسية بجامعة النيلين حسن الساعوري تحدث عبر الهاتف لآخر لحظة قائلا اننا كمراقبين سياسيين قلنا منذ البداية ان الاتفاق ليس سياسيا فقط بل ثقافيا وجتماعيا وأمنيا ولأن الأمر لم يحسم في كل هذه الملفات في الاتفاق جاء ال تأثير عند التطبيق واضحا في التعثر وعدم التقدم خطوة الى الأمام ولأن الأمر مرتبط بقطاع الشمال من ناحية الترتيبات الأمنية وهذه وجهة نظر الحكومة منذ البداية فيما كانت وجهة نظر دولة الجنوب هي البترول واعادة ضخه ونقل على الحكومة السودانية أن ترفع الأمر الى الوسيط الأفريقي لا يمكن ضخ البترول في مناطق ملتهبة أصلا وغير آمنة والوقائع على الأرض تؤكد ذلك واصفا الوسيط الأفريقي بغير المحايد وقال على الحكومة أن تتخذ خطوات سريعة وهامة لحسم التمرد الذي تسلل حتى وصل الجبال الشرقية والا لأصبحت الأراضي ورقة ضغط جديدة.