رغم الإجماع الواسع الذي وجده اتفاق التعاون المشترك بين السودان ودولة جنوب السودان واستبشار المراقبين السياسيين بأن كل القضايا العالقة سوف تجد طريقها للحل غير أن الشاهد علي مسار تطبيق هذا الاتفاق يلاحظ عملية البطء في التنفيذ وفشل الاجتماع الأول للجنة الأمنية والذي انفض دون الوصول لنتيجة بعد الاختلاف حول أجندته وفيما يتعلق بمطالبة الحكومة بإدراج فك الارتباط مع الحركة الشعبية قطاع الشمال وطرد الحركات المتمردة ورفضت جوبا ذلك رغم وعدها السابق في أثناء المفاوضات وجاء ذلك أيضاً في حديث نائب الرئيس الدكتور الحاج آدم في بورتسودان والذي ربط عودة العلاقات مع جوبا بمسألة فك الارتباط مع قطاع الشمال وعدم تقديم الدعم لهم من جوبا يري مراقبون سياسيون أن قطاع الشمال الحركة الشعبية يمثل العقبة الكؤود في عودة العلاقات ما بين السودان وجنوب السودان حيث تمثل الجانب المتعلق بالأمن والاستقرار لأنها لا تزال تمارس نشاطها العسكري من داخل أراضي دولة جنوب السودان وتضرب بصواريخها مدن جنوب كردفان وحتي دارفور متخذة من الدعم اللوجستي الذي تقدمه لها جوبا سنداً عسكرياً لزعزعة الأمن وشغل حكومة الخرطوم بمعارك استنزافية مرهقة ورغم إعلان جوبا تمسكها باتفاق التعاون المشترك واعترافها بأن الحوار هو الوسيلة لحل كافة القضايا غير أن القول لا يتبعه الفعل بحسب مراقبين سياسيين في البلدين والذين يرون أن علي الخرطوموجوبا الالتزام بما تم توقيعه حتي لا تعود الأوضاع الي سابق عهدها مشيرين أن ذلك ضروري لحاجة لبلدين لدعم الاقتصاد عندما تتم عملية ضخ البترول والتعاون التجاري المتبادل.. أستاذ العلوم السياسية بجامعة النيلين حسن الساعوري تحدث عبر الهاتف لآخر لحظة قائلاً إننا كمراقبين سياسيين قلنا منذ البداية ان الاتفاق ليس سياسياً فقط بل ثقافياً واجتماعياً وأمنياً ولأن الأمر مرتبط بقطاع الشمال من ناحية الترتيبات الأمنية وهذه وجهة نظر الحكومة منذ البداية فيما كانت وجهة نظر دولة الجنوب هي البترول وإعادة ضخه ونقل علي الحكومة السودانية أن ترفع الأمر الي الوسيط الأفريقي لا يمكن ضخ البترول في مناطق ملتهبة أصلاً وغير آمنة والوقائع علي الأرض تؤكد ذلك واصفاً الوسيط الأفريقي بغير المحايد وقال علي الحكومة أن تتخذ خطوات سريعة وهامة لحسم التمرد الذي تسلل حتي وصل الجبال الشرقية وإلا لأصبحت الأراضي ورقة ضغط جديدة. نقلا عن صحيفة آخر لحظة السودانية 25/11/2012م