أظهرت برقية دبلوماسية مسربة أن مصر ضغطت في العام الماضي من أجل تأجيل الاستفتاء لتقرير مصير جنوب السودان ما بين أربع وست سنوات لانها تخشى من أن الدولة الجديدة يمكن أن تفشل وأن التقسيم قد يضر بحصة مصر من مياه النيل. وأوضحت البرقية أن تحذيرات القاهرة من أن تصويت الجنوب لصالح الانفصال يمكن أن تكون له عواقب خطيرة من بينها زعزعة استقرار القرن الافريقي وتدفق المهاجرين على مصر والاضرار بايرادات قناة السويس. ونقلت البرقية التي يرجع تاريخها الى أكتوبر عام 2009 عن مسؤولين قولهم (النتيجة ستكون اقامة دولة غير قابلة للبقاء يمكن أن تهدد موارد مصر من مياه النيل). وقالت البرقية -المسربة - الصادرة عن السفارة الامريكية في القاهرة ان المسؤولين طلبوا من الحكومة الامريكية أن تبلغ قيادات الجنوب بمخاطر الانفصال وتشجيعهم على الدفاع عن الوحدة. وأضافت البرقية أن مصر اقترحت تعديل اتفاقية السلام لمنح جنوب السودان حكما ذاتيا لمدة عشر سنوات قبل الاختيار بين الفيدرالية أو الاستقلال أو تأجيل الاستفتاء ما بين اربع وست سنوات لتطوير(قدرة جنوب السودان على اقامة دولة). وقالت البرقية ان القاهرة أيدت موقف الخرطوم بأنه ينبغي الحصول على أغلبية الثلثين لتقسيم السودان وبضرورة أن يسمح لجميع الجنوبيين بمن فيهم من يقيمون في الخرطوم وفي الخارج بالتصويت. ونقلت برقية منفصلة يعود تاريخها الى أبريل عام 2009 عن مدير المخابرات المصرية عمر سليمان قوله للاميرال مايك مولن رئيس هيئة الاركان المشتركة في الجيش الامريكي ان مصر (لا تريد انقسام السودان).