قامت المكتبة في رحلتها منذ تأسيسها قبل ما يزيد عن ستين عاماً بالعديد من وظائف المكتبة الوطنية بجانب خدماتها للمجتمع الجامعي ومن تلك الخدمات: بدأت المكتبة في أول أمرها بفرز بطاقات الفهرسة عن بطاقات فهرس المكتبة الرئيسية وأصبح هناك فهرس مستقل لمجموعة السودان ، كما تم وضع رؤوس الموضوعات التي تغطي الموضوعات السودانية من أسماء الوزارات ، والمصالح إلى أسماء القبائل والمديريات والبلدات وتخصيص أرقام تغطي كل ذلك التنوع في الموضوعات السودانية. في عام 1970م تم جمع وإعادة تنظيم وترتيب بطاقات فهرس السودان وتم تصويرها بقسم التجليد بإمكاناته المتواضعة حيث صدر المجلد الأول والذي يحتوي على أكثر من خمسمائة صفحة محتوياً كل بطاقات مكتبة السودان والذي صدر تحت عنوان الفهرس المصنف لمجموعة السودان بمكتبة جامعة الخرطوم وصدر الملحق الأول في عام 1971م وصدر الملحق الثاني في عام 1972م وصدر الملحق الثالث في عام 1974م ثم توقف صدور الملاحق بعد ذلك. خلال هذه الرحلة الممتدة من عام 1947م إلى يومنا هذا انتقلت مكتبة السودان من المكتبة الرئيسية إلى مبنى مستقل أحتل الجزء الجنوبي الغربي من الطابق الأول لمبنى المكتبة الرئيسية وشغل ثلاث غرف مع صندقة علوية لحفظ النسخ الإضافية وبعض مجلدات الصحف. بعد ذلك تم ترحيل المكتبة إلى مبناها الحالي بشارع الجمهورية لتحتل الجزء المواجه للشارع بطابقيه الأول والثاني. كانت المكتبة تسمح بدخول طلاب الدراسات العليا والاستفادة من نظام الأرفف المفتوحة للحصول على مطبوعاتهم على الرفوف ما عدا الرسائل الجامعية والتي تكون دائماً مغلقة داخل الدواليب . أما طلاب المراحل الجامعية الأولى فإنهم يطلبون الكتب عن طريق الإعارة الداخلية من المكتبة الرئيسية رغم أن المكتبة مخصصة وفقاً لقانون ولوائح المكتبة لأساتذة وطلاب جامعة الخرطوم إلا أنه يسمح للباحثين من خارج الجامعة بالدخول بعد الحصول على إذن خاص باستخدام المكتبة. في كل الحالات لم تكن الإعارة متاحة وعلى الجميع استخدام المراجع داخل المكتبة فقط بعد ترحيل المكتبة إلى المبنى الجديد تقرر أن تخصص قائمة للمطالعة لكل الطلاب وأن تتم مناولة المراجع بعد ترك الطالب أو المستفيد بطاقته بالكاونتر. وجود دفتر خاص للتوقيع للطلاب الذين يودون الإطلاع على رسائل جامعية(ماجستير دكتوراه). من الأعمال الفنية التي حرصت إدارة المكتبة عليها عملية تجليد المطبوعات.. وقد أدى تجليد الكتب والتقارير إلى الاحتفاظ بتلك المؤلفات إلى يومنا هذا بصورة سليمة وقد كان قسم التجليد بمكتبة جامعة الخرطوم يقوم بالعمل في تجليد المجموعات بصورة منتظمة و مستمرة حتى تم فيما بعد نقل القسم وإضافته إلى مطبعة الجامعة مما أثر سلباً على مجموعات مكتبة السودان وتراكمت المجموعات بشكل كبير.. ورغم إعادة جزء من التجليد للمكتبة إلا أن آثار تلك الفترة ما زالت قائمة. ومن السلبيات التي تعاني منها المكتبة اليوم الاستخدام المكثف للمراجع من داخل الجامعة ومن خارجها نسبة لغياب المكتبة الوطنية وفشل معظم الجامعات في إنشاء أقسام للمؤلفات السودانية مما زاد العبء على مكتبة السودان وقد انعكس ذلك على الكتب بشكل واضح وأصبح بعضها يتكسر بسبب عوامل الطبيعة التي أدت إلى نشاف الورق وكثير من الطبعات النادرة أما فقدت أو في طريقها للفقد. ولذلك لابد من معالجة الأمر بالسرعة المطلوبة في تصوير ونسخ الطبعات النادرة من كتب السودان وإتاحتها في شكل الكتروني أو فلمي أو نسخ مصورة.
