طالب المسلمون في دولة جنوب السودان، بتمثيلهم في الأجهزة التشريعية والتنفيذية، مع تأكيدهم على احترام علمانية الدولة ورفض التطرف الديني من أي جهة دينية. وشدد كثيرون منهم على رفض التطرف الديني في بلادهم وأنهم مستعدون للدفاع عن الحدود ضد أي مجموعة متطرفة تستهدف الدولة واستقرارها باسم الدين. ويعيش في السودان الجنوبي نحو 31 في المائة من المسلمين من نسبة السكان ونحو 44 في المائة من المسيحيين، حيث دخل الإسلام حسب روايات مختلفة من المسلمين قبل قرون عن طريق التجار من شمال السودان وشرق أفريقيا، ولكن يظل التعايش الديني أحد المعالم البارزة في تلك الرقعة الجغرافية، حيث يعيش في بيت أي أسرة جنوبية مسلمون ومسيحيون ولا دينيين. ويقول الدكتور سلام الحاج عبد الله باب الله عضو المجلس الإسلامي لجنوب السودان وهو باحث في الأديان المقارنة ل«الشرق الأوسط» إن رئيس الدولة ونائبه ورئيس البرلمان والوزراء جميعهم من المسيحيين ولا يوجد تمثيل للمسلمين، ويتساءل «هل لا يوجد في الحركة الشعبية الحاكمة مسلم من بين أعضائها ليتولى أي منصب وزاري وهذا السؤال أيضا موجه للأحزاب السياسية الجنوبية الأخرى». ويضيف «إذا كانت الدولة علمانية ينبغي أن يتم تمثيل كل أصحاب الديانات واللادينيين فيها كما يحدث ذلك في كينيا وأوغندا والدول الأوروبية». ويتفق نائب رئيس جماعة أنصار السنة المحمدية الأمين العام للزكاة في المجلس الإسلامي لجنوب السودان حامدين شاكرين مع ما ذهب إليه سلفه.
