رفضت المفوضية القومية للانتخابات، مقترحات تقدم بها المرشح الرئاسي المستقل، حمدي حسن أحمد محمد، أجملها في مذكرة تتعلق بإرجاء جزئي للانتخابات، والمناصب المطروحة ونزاهة العملية الانتخابية، وشدَّدت على أنه لا مجال لتسجيل ناخبين جدد. وطالب المرشح الرئاسي في مذكرته، بإرجاء انتخابات المجلس الوطني والمجالس الولائية إلى وقت لاحق، مبرراً ذلك بأنه "ليس هناك حاجة للمجالس التشريعية الولائية"، داعياً إلى جعل الانتخابات الرئاسية في يوم منفصل -طبقاً لقوله-. كما دعا لاعتماد يوم واحد فقط لعملية الاقتراع والفرز وإعلان النتيجة بدلاً عن ثلاثة أيام، واستبدال نظام الأحبار في الاقتراع بعملية قص أظافر اليد اليسرى، بسبب التشكيك في نزاهة العملية الانتخابية من قبل المواطنين والأحزاب. وطالب المرشح الرئاسي، في مذكرة له بأن تكون صناديق الاقتراع معروضة في مكان مفتوح ومكشوف للجميع، وليس في مكان مغلق، ليتمكن جميع السودانيين من مراقبتها، وأن يتم الفرز في نفس المركز وفي نفس مكان عرض الصندوق مباشرة عقب نهاية الاقتراع "فلا يتم تحريك الصندوق من مكانه مهما كانت الأسباب". وحث في مذكرته، على "فتح باب الاقتراع للجميع دون التقيد بالسجل، حيث يتم تسجيل بيانات الناخب عند عملية الاقتراع حتى وإن لم يكن من أهل منطقة مركز الاقتراع، طالما أننا نضمن عدم الإدلاء بصوته في مركز آخر، نظراً لعدم إقبال الكثير من المواطنين على عملية التسجيل بالسجل الانتخابي". بدورها، قالت المفوضية إنها تسلَّمت مذكرة من المرشح المستقل للرئاسة، حمدي حسن، تحتوي على مقترحات بشأن المناصب المطروحة للانتخابات، ومدة الاقتراع، ونزاهة الانتخابات، والسجل الانتخابي. وحول نزاهة الانتخابات أوردت المفوضية بأنها اتخذت كافة الإجراءات الممكنة، لضمان حرية ونزاهة العملية الانتخابية، ومن بينها ضمان عدم تكرار التصويت من قبل أي ناخب. وأبلغت المفوضية المرشح الرئاسي، بأن نظام استخدام الأحبار هو النظام المتبع والمعمول به عالمياً، وقد أثبت جدواه حسب التجارب المحلية والعالمية، ولا يمكن استبداله بأي بديل آخر غير معروف وغير مجرب، ولا يمكن تطبيقه عملياً. ونقلت المفوضية رداً على المذكرة بأنه لا مجال لتسجيل أي ناخبين جدد، بعد أن تم فتح السجل وإغلاقه في الوقت المحدد حسب الجدول المعلن، وتمسكت المفوضية بالجدول المعلن حتى نهاية العملية الانتخابية.
