أعلن المراجع العام عن وجود 21 هيئة حكومية بدون لائحة شروط خدمة، ولوائح مالية داخلية ومخالفة للهيكل الراتبي للدولة . وكشف المراجع في تقرير تفصيلي عن شركات الاستثمار الحكومية تحصلت عليه (الجريدة)، عن اضطراد وصفه بالمرتفع في الإعفاءات من رسوم هيئة الموانئ البحرية خلال العام 2017م بلغت 893 مليون جنيه، وبنسبة 81% من فوائض الهيئة بينما بلغت اعفاءات 2016م. 444 مليون جنيه، مما تسبب في عدم توفير موارد حقيقية للخزينة العامة. وقال المراجع : الهيئة سددت مبلغ 184 مليون مباشرة لصالح السكة حديد بالاضافة إلى مبلغ 6.5 مليون لصيانة مبني وزارة النقل من ربط وزارة المالية طرف الهيئة ولم يتم إجراء التسوية اللازمة وإثباتها بالحسابات . وكشف التقرير عن تجاوزات في الهيئة القومية للمواصفات والمقاييس، تمثل في عدم اثبات مبلغ 23.10 مليون جنيه، منها اعفاءات لمنظمات طوعية بمبلغ 1.65 مليون جنيه، واعفاءات سلعة سكر بمبلغ 21.45 مليون جنيه وفقا للقرار الجمهوري رقم 36. واشار التقرير إلى مخالفة الهيكل الراتبي للهيئتين ،القومية للاتصالات، المواصفات والمقاييس،لهيكل الدولة، و5 هيئات غير مجازة، وهي: (الارصاد الجوي، الطرق والجسور، سكك حديد السودان،السودان للانباء،الهيئة العامة للبث، و7 هيئات هيكلها التنظيمي غير مؤكد وهي الموانئ البحرية، الاتصالات، سكك حديد السودان، الطرق والجسور،الامدادات البيطرية،قاعة الصداقة، الهيئة العامة لأعمال الري والحفريات ) و7 هيئات ليس لديها لوائح مالية داخلية وهي: (الهيئة العامة لاعمال الري والحفريات،الهيئة العامة للامداد البيطري،الهيئة العامة لقاعة الصداقة ،وكالة السودان للانباء،الارصاد الجوي،الهيئة العامة للطرق والجسور،سكك حديد السودان). واعتبر المراجع أن كثير من الهيئات تتجاوز الأطر والقوانين واللوائح مما أدى إلى تفاوت اسس شروط التوظيف،وعدم السيطرة على زيادة الاجور وتعويضات العاملين والحوافز.