انتقد المؤتمر الوطني اعتزام المؤتمر الشعبي طرح دستور يخلو من الشريعة الإسلامية. وقال «لو طرح الشعبي وثيقة ليست فيها الشريعة يكون ريحنا من ادعاءاته». وأضاف أن توقيع نائب الأمين العام للحزب على اتفاق جبهة الدستور الإسلامى كان إشارة إيجابية للشعبي وللقاعدة الإسلامية العريضة إلى أنه مازال على خطه الرئيس حتى ولو سعى إلى إسقاط النظام أو تحالف سياسياً مع الآخرين. وعبر نائب رئيس المؤتمر الوطني د. نافع علي نافع عن أسفه لتراجع الشعبي عن الشريعة، وقال إن الاعتذار عن ذلك يؤكد أن الشعبي يمكن أن يبيع قضية الشريعة وقضية الانتماء الأصلي من أجل التحالف مع الأحزاب العلمانية الأخرى والحركة الشعبية بالجنوب. وتوقع أن يحدث ذلك زلزالاً واسعاً في قاعدة المؤتمر الشعبي، وقال نافع: «أنا أعلم أن هناك كثيراً من الصادقين والحريصين على توجههم لن يقبلوا ذلك النهج». ونفى نافع صحة الحديث عن وجود انشقاقات بالمؤتمر الوطني في النيل الأزرق، وأكد أن حكومة النيل الأزرق تكونت بعد تشاور كبير جداً داخل الحزب بالولاية والحزب ومع الوالي.