مشكلة تلوث المياه أصبحت من المشكلات البارزة والمصاحبة للتطور البشري والعمراني والصناعي ومن بينها تلوث المياه الجوفية بالإضافة إلى المياه المعبأة، وتعتبر ولاية الخرطوم من أكثر المناطق تأثرًا خاصة بعد النهضة العمرانية بجانب تغيير مستوى ونمط المعيشة، حيث انتشرت في الآونة الأخيرة ثقافة استخدام المياه المعبأة، و أكد د. كمال الطيب من جامعة الخرطوم في ورشة تطوير صناعة المياه المعبأة التي نظمها معهد الدراسات الإنمائية بجامعة الخرطوم وشعبة المياه المعبأة باتحاد الغرف الصناعية أكد ارتفاع نسبة تلوث المياه المعبأة وطرق العرض تعتبر من أكثر المسببات لتلوث المياه وطالب بنشر ثقافة التخزين الصحيح بدلا من وضع قوانين تزيد فترة الصلاحية، وأقر عضو شعبة المياه المعبأة أسامة عبد الرحمن بوجود مشكلات في التعبئة مبينًا وجود تضارب بين الجهات المختصة في عمل المصانع موضحًا أن الدولة تركز بنسبة 90% على الجبايات بدلاً من رقابة تلك المصانع وطالب في ذات الوقت بتحديث القوانين الرقابية تماشيًا مع الوضع الراهن. وأضاف عبد الوهاب الطيب من كلية الهندسة بجامعة الخرطوم في ورقته «كيفية المحافظة على مياه الآبار» أن مشكلة تلوث مياه الآبار الجوفية ناتجة عن التوسع والزيادة غير المخططة بجانب النمو المتسارع في معظم مدن السودان مما أصبح يشكل ضغطًا على الخزانات الجوفية نتيجة للعديد من النشاطات التي يقوم بها الإنسان ويعتبر الصرف الصحي من اكبر المهددات، مبينًا أن المياه الجوفية تغطي حاجة الولاية بنسبة «60%» فيما يشكل النيل «40» %فقط، وطالب بضرورة الالتزام بالأسس المنهجية العلمية في ممارسة الوظائف الإدارية من قبل الإدارات في شركات الحفر الجوفي بجانب وضع قوانين ولوائح وتشريعات صارمة تهدف لحماية مصادر المياه، فيما انتقد مدير إدارة الصحة بوزارة الصحة ولاية الخرطوم د. حسن بشير الطرق المتبعة في حفر الآبار مشيرًا لإجراء الوزارة مسوحًا للمياه الجوفية بولاية الخرطوم كشفت عن وجود تلوث ب«475» بئرًا مؤكدًا توجه الوزارة لمعالجة المشكلة، وأشار لضرورة تحديد تاريخ الصلاحية على المياه المعبأة. ودعا الأمين العام لجمعية حماية المستهلك د. ياسر ميرغني إلى عمل تواريخ محفورة على عبوات المياه بجانب التوجه لاستخدام العبوات الزجاجية وضبط أسعار المياه المعبأة وكشف عن مخالفات في الصناعة.