في أواخر يونيو 2010م تقدم القيادي بالاتحادي الأصل علي نايل باستقالته من الحزب، وقال نايل في رسالته التي نشرها بالصحف: «أرفع لسيادتكم وبطوعي واختياري استقالتي، فقد عزمت وقررت إحالة نفسي للمعاش نهائياً من أي نشاط أو عمل سياسي بالحزب، وبهذا فإني أتقدم باستقالتي من كل ما أوكل إليَّ وتم تكليفي به، عضوية المكتب السياسي، رئاسة لجنة الإعلام، الإشراف السياسي على محلية كرري». وختم نايل استقالته بأن علاقته ستستمر مع السياسيين «في الله فقط» أي بعيداً عن الممارسة السياسية وصداعها، ولكن لم تمض أربعة أيام على تلك الاستقالة حتى سحب نايل استقالته تلك، بعد أن طلب منه الميرغني أن تناقش الرؤى المختلفة في إطار أجهزة الحزب، وأن تعالج الأمور بالحكمة لا بالانفعال، وطلب الميرغني من نايل الاستمرار في واجباته وأداء مهامه الحزبية، ولكن المتابع لتصريحات نايل وردود فعله تجاه الغاضبين من طريقة عمل الحزب هذه الأيام، يجدها بعيدة عن وصية الميرغني التي أهداها له بدار أبو جلابية، ويجد أن نايل قد أخذ من تلك النصيحة جانبها الأخير وترك الأول، أي الاستمرار في مهامه ولكن بعيداً عن أطر أجهزة الحزب وبلا حكمة.