كما كان المسجد في صدر الإسلام محلاً لإدارة الدولة ورعاية شؤون المسلمين، ويجري فيه إعلان الحرب وإقرار السلم..كذلك كان مسجد الخليفة عبد الله التعايشي بأم درمان في صدر الدولة المهدية التي أقامت حكماً إسلامياً على أنقاض الدولة العلمانية الخديوية المتحالفة الاستعمار الإنجليزي. وكان الخليفة عبد الله التعايشي في مسجده يباشر الحكم، ويلقي بياناته السياسية من خلال خطبة الجمعة، ويستعرض الجيش، ومن مسجده أيضاً كان يراقب المرجفين، ويحرس ما يقع في حدسه أن فتنة من الخروج!!.. وكان هذا المسجد هو المدرسة والمحكمة، والدولة. في العام 1885م وصلت جيوش المهدي إلى أم درمان، واتخذ المهدي معسكره في أبوسعد وما حولها، وحاصر الخرطوم.. ومن مُشرع قرية »فتيح« عبرت قواته النهر إلى »شجرة غردون« وكانت تعرف من قبل دلك ب«شجرة محو بك«، والآن هي »حي الشجرة«- عبرت قوات المهدية النهر إلى الشجرة، ومنها اتخذت طريقها لمهاجمة الخرطوم، فأسقطتها في 26 يناير 1885م وقتلت غردون حاكم السودان!!.. ولكن المهدي اتخذ من أم درمان عاصمة لدولته، مؤثراً إياها على الخرطوم التي عدها من »مساكن الذين ظلموا أنفسهم«!!..وبعد ستة أشهر من انتصار الحركة المهدية توفي الإمام المهدي، وخلفه في الحكم عبد الله ود محمد تورشين، الذي أصبح يعرف فيما بعد ب«الخليفة عبد الله التعايشي«!!.. بعد عامين من وفاة المهدي، أي في العام 1887م بنى الخليفة عبد الله التعايشي المسجد الذي حمل اسمه فيما بعد، وكان يقع في الجزء الشرقي من ميدان الخليفة الحالي في مواجهة قبة المهدي، وكان المسجد مشيداً من الصفيح، وأبعاده الحالية هي نفس الأبعاد التي بُني بها أول عهده؛ وهي 45 ذراعاً طولا و259 عرضاً وله ثمانية أبواب..ويقال إن الخليفة عبد الله كان يشارك بنفسه في البناء، ومعه خلفاء وأمراء دولة المهدية. وفي العام بدأ الخليفة عبد الله ببناء بناء سور لمدينة أم درمان، أحاط به قلب المدينة حيث قبة المهدى ومنازل الخلفاء وحراس الخليفة والمصالح العامة وفى سنة 1889 م أحاط المسجد الجامع بسورٍ عظيمٍ. كان الناس يحتشدون في المسجد للقاءات الدينية وللصلاة في مجموعات كبيرة، حيث كان الخليفة عبد الله التعايشي يتخذ منه مكاناً لإلقاء بياناته السياسية والدينية للناس في أم درمان، وكثيراً ما كان يقف فيه خطيباً ليأمر بأمر، أو ينهى عن فعل، أو يكشف عن خبر!!.. بل كان الخليفة عبدالله كان يحرص على أن يؤدي الناس صلاة الصبح حاضرا في ذلك المسجد. وكان للخليفة منهجٌ في «أمن الدولة» أساسه المسجد!!..فقد كان يجعل من التزام الناس بحضور صلاة الجماعة في مسجده أسلوباً لمراقبة التزامهم السياسي..بل كان يشدد على من تحوم حوله شبهة بعدم التخلف عن صلاة الجماعة.. ومن ذلك إلزامه الأسرى الأوروبيين الذين ادعوا الإسلام- ومن بينهم النمساوي سلاطين باشا- بحضور جميع الصلوات في المسجد، وكان ذلك يشبه »أخذ التمام العسكري« حيث يتأكد من عدم هروبهم، وكان يعاملهم باحترام وتوقير، مع علمه بأن أكثرهم ليس مخلصاً في إسلامه، وأنهم يؤدون الصلاة بغير وضوء، ويعاقرون الخمر في بيوتهم.. وفي مخطوطة مذكرات الإغريقي »نيوكولاس ب« الذي كان ضمن الأسرى الأوروبيين في أم درمان أيام المهدية، يذكر أن الخليفة كثيراً ما كان »يجلس بعد صلاة العيد قرب المحراب و هو محاط بالأسري الأوربيين وسط العلماء و القضاة، و ينتصب واقفا لحظة دخول الأسري و يحيِّيهم قبل أي قادم آخر، و يتبادل معهم التحايا و التبريكات المعتادة ثم يبدأ الحديث معهم مبتدأً بأكبرهم سناً..« وكانت العروض العسكرية تجري بالقرب من المسجد، بحكم مكانه الذي يقع في الطرف الشرقي من شارع العرضة، حيث يبدأ الجنود الاستعراض في شكل مجموعات، وكان الناس يصطفون في الطرف الغربي من الجامع وإلى مكان الاحتفال لمشاهدة العرضة العسكرية!!..
