هنالك مؤشرات كثيرة تؤكد وجود عقبات متداخلة تواجِه مساعي تأسيس علاقة إيجابية بين دولتي الشمال والجنوب، خاصة بعد اتجاه دولة الجنوب إلى التعاون في مجال التجارة مع كينيا ويوغندا لذا الأمر يتطلب إعادة صياغة العلاقة التجارية على وجه الخصوص، ولا بد من وضع ترتيبات قانونية جديدة تتعلق بالالتزامات الواقعة على كلتا الدولتين، مع ضرورة تسوية مسألة الحدود للاستفادة من تجارب التجارة بالمناطق الحدودية حتى تسهل حركة انتقال السلع دون قيود، وفي ذات الاتجاه طالب الاتحاد العام لغرفة النقل بوضع سياسات واضحة واتفاقيات بين الدولتين مبينًا أن تجار الجنوب حاليًا يستلمون بضائعهم على الحدود بسبب الأوضاع الأمنية، وقال الأمين العام لغرفة اللواري والدفارات السفرية باتحاد النقل شمس الكمال حمد إن كافة الشاحنات والحاويات التي تحمل البضائع إلى الجنوب تقف عند المناطق الحدودية ولا تدخل بسب عدم استقرار الأوضاع الأمنية موضحًا أن حكومة الجنوب قامت بتوفير شاحنات لإدخال البضائع مؤكدًا أن دولة الجنوب تعتمد اعتمادًا كليًا على تجارة الشمال مؤكدًا مطالبة الغرفة بوضع سياسة واضحة تحكم التجارة مع الجنوب من حيث الرسوم الجمركية وغيرها. وقال الخبير الاقتصادي د. محمد الناير إن عدم الاستقرار بالدولة الوليدة يأتي في ظل القضايا العالقة بين الشمال والجنوب التي لم تُحسم بعد؛ لأن الوضع الطبيعي أن تذهب الشاحنات الى الجنوب بإجراءات مرورية معروفة لتوصيل السلع ومن ثم العوده مرة أخرى إلى الشمال، وأضاف الناير أن الحساب على هذه السلع يجب أن يكون بالنقد الأجنبي وأشار إلى عدم دخول التجار الشماليين الى الجنوب بسبب الاضطرابات في المناطق الحدودية التي تجعل التجار الشماليين لا يغامرون بالدخول بشاحناتهم وكثيراً منهم يلجأون إلى تسليم البضائع عبر الحدود على أن يتولى التجار الجنوبيون مهمة توصيل السلع.. وقال الناير إن مثل هذه الأمور تتطلب الاتفاق حتى تسهل حركة التجارة مبينًا أن المحك الرئيسي أن توفر حكومة الجنوب الأمن لهذه السلع حتى الوصول لآلية واضحة بين الطرفين.. وأضاف أن الوقت الراهن يحتاج إلى تدعيم العلاقات مطالبًا الدولتين بالتعاون من أجل محاربة الممارسات الاقتصادية الضارة..