استدعت وزارة الخارجية الجمعة، سفير الخرطوم في الدوحة بسبب التحريض الدائم ضد السودان، بناء على طلب من المجلس العسكري الانتقالي، وذلك بعد ساعات من إغلاق مكتب قناة الجزيرة . ووفقًا لمصادر مطلعة في الخرطوم إن هناك بوادر أزمة بين البلدين، وإن الأمر مفتوح على كل الاحتمالات. وقال مصدر إن السلطة الانتقالية تدرك أن الدوحة مصدومة من عزل حليفها عمر البشير وغير راضية عن الوضع الجديد، وهي تحرض ضده وتدعو للفوضى والتغيير ليس فقط من خلال وسائل الإعلام مثل قناة "الجزيرة" بل أيضا عبر جماعات لها علاقة بالنظام السابق في الداخل والخارج . وقامت السلطات بطرد وسائل الإعلام القطرية، بما فيها قناة الجزيرة، بسبب التحريض الدائم ضد السودان . وجاء طرد قناة الجزيرة بعد حصول المجلس على أدلة ومعلومات تؤكد أن مكتب القناة يتخابر لصالح الإخوان في السودان ويعمل على دعم النظام القديم. وقالت مصادر أمنية إن الاستخبارات العسكرية ظلت ترصد حركة مكتب الجزيرة ومن يحضرون له من قطر واتصالاتهم مع إسلامويين في السودان، وفي خطوة مباغتة، قام المجلس العسكري بإصدار قرار بوقف نشاط قناة «الجزيرة» القطرية وسحب ترخيصها. وأضاف المصدر الأمني أن ممارسات قناة «الجزيرة» في السودان تأتي ضمن سلسلة التحريض وإشعال فتيل الفوضى من خلال سعيها لدعم فلول النظام السابق، وقيادة الثورة المضادة ضد التقارب بين المجلس وقوى التغيير. وأوضح المصدر أن مكتب قناة الجزيرة في السودان تحول إلى خلية استخباراتية تضبط الاتصالات بين أنصار الرئيس المعزول عمر البشير وعناصر خارجية، مما يخالف مضمون التصريح الإعلامي الممنوح للقناة. وعقب إغلاق مكتبها في الخرطوم، يتوقع مراقبون ان قناة الجزيرة القطرية ستزيد من نشاطها وحملتها التحريضيه ضد السودان خلال الايام القادمة كما فعلت في مصر واليمن وليبيا، وذلك من خلال إستقطاب الإعلاميين والسياسيين ودعمهم لأشعال الفتنة بين المجلس العسكري الانتقالي وقوى الحرية والتغيير. وفي منتصف أبريل الماضي، رفضت السلطات استقبال وفد قطري برئاسة وزير الخارجية محمد بن عبد الرحمن آل ثاني حيث رفض المسؤولين استقباله بعد وصوله للخرطوم ثم غادر الوفد القطري العاصمة السودانية، عائداً للدوحة . وحينها، قال مصدر سوداني رفيع، إنه تم إبلاغ الوفد القطري أن الأعراف الدبلوماسية تتطلب التنسيق والاتفاق قبل الزيارة، وهذا ما لم يحدث. سياسة إمارة قطر فى المنطقة وتجاوزاتها جعلت العديد من الدول العربية والأجنبية توجة لها صفعة بإغلاق مكاتب قنوات الجزيرة التابعة لها، وطرد مراسليها، ففي ديسمبر 2010، أغلقت وزارة الاعلام الكويتية مكتب قناة تلفزيون «الجزيرة» القطرية بعد سحب ترخيصها واتهمتها بالتدخل في الشؤون الداخلية للكويت وانتهاك الحظر على التغطية. وفي إبريل 2015 قررت الحكومة الهندية بغلق مكتب قناة الجزيرة بسبب أن هذة القناة تعبث بالأمن الهندي وتذيع أخبار مغلوطة ونشرت خرائط مزيفة ومغرضة عن إقليم كشمير المتنازع علية ما بين الهند وباكسيتان، حسبما جاء بالبيان الرسمي للحكومة الهندية. وفي إبريل 2016 سحبت السلطات العراقية ترخيص شبكة الجزيرة الإخبارية القطرية وأغلقت مكاتبها في بغداد واتهمتها بمخالفة الضوابط الحكومية الصادرة في 2014 لتنظيم وسائل الإعلام «في زمن الحرب على الإرهاب». وفي يونيو 2017 قررت وزارة الثقافة والإعلام السعودية، تشميع مكتب قناة الجزيرة في بلادها وسحب الترخيص الممنوح لها، جاء القرار بسبب دعم قناة الجزيرة للميلشيات الحوثية باليمن وكذا ترويج مخططات للجماعات الإرهابية. وفي أغسطس 2017 أعلنت تل أبيب إغلاق مكاتب «الجزيرة» في الأراضي الفلسطينية المحتلة، أعلن وزير الاتصالات الإسرائيلي، أيوب قرة، أن تل أبيب قررت إغلاق مكتب قناة الجزيرة وسحب اعتماد صحفييها، مطالباً شركات توزيع البث بإلغاء بث القناة. وفي 13 ديسمبر 2018 فتح القضاء الفرنسي تحقيقا بعد بث قناة الجزيرة الإنجليزية فيلما استقصائيا تحت عنوان «جيل الكراهية» تطرق للجماعات اليمينية المتطرفة والعنصرية في فرنسا، وسط مطالب بإغلاقها وسحب ترخيصها.
