قبيل مغادرة الخرطوم عقب زيارة قصيرة لم تتجاوز 3 ساعات، أثار الرئيس المصري الجديد عبد الفتاح السيسي جدلا وسط الصحفيين بتصريحه " نعتبر السودان جزء من مصر". وكان في وداع السيسي لدى مغادرة مطار الخرطوم الدولي، مساء يوم الجمعة، نظيره السوداني عمر البشير بعد عقدهما مؤتمرا صحفيا مشتركا. وبحسب مراسل الأناضول أثار قول السيسي في كلمته بالمؤتمر الصحفي "نحن نعتبر السودان جزء من مصر" جدلا وسط الصحفيين بشأن ما إذا كان لهذه العبارة مدلولات سياسية متعمدة (حيث كان السودان جزء من مصر قبل أن ينفصل في الخمسينيات من القرن الماضي) أم خانه التعبير حيث كان يتكلم بالعامية المصرية. وقال السيسي خلال المؤتمر الصحفي في ختام الزيارة "سعيد للحفاوة التي وجدناها خلال هذه الساعات القليلة ونحن نعتبر أن السودان جزء من مصر وهذه الزيارة تعبر عن ذلك". وأضاف "اتفقنا على تنسيق المواقف في قضايا المنطقة ونحن الآن في انتظار فخامة الرئيس البشير لزيارتنا في مصر". وبدوره، رحب البشير بما وصفه "إصرار الرئيس السيسي على زيارة الخرطوم رغم مشاغله". وأضاف البشير "الزيارة تأكيد على أن العلاقة بين البلدين تسير في الاتجاه الصحيح" وتابع "العلاقة بين البلدين متجذرة ليس بحكم الجوار الجغرافي فقط بل للروابط التاريخية والثقافية والدينية والعرقية". ونبه الرئيس السوداني إلى أنه "بحث مع السيسي عدد من الموضوعات التي من شأنها أن تعود بالنفع على الشعبين وكذلك عدد من القضايا الأقليمية". وقال "تطابقت رؤانا حول القضايا الأقليمية لإحتواء بؤر النزاعات في المنطقة". ولم يقدم الرئيسين مزيدا من التفاصيل ولم يسمح للصحفيين بطرح أسئلة. وكان السيسي قد وصل الخرطوم، بعد ظهر يوم الجمعة، قادماً من مالابو عاصمة غينيا الإستوائية. وتظاهر العشرات من أنصار جماعات إسلامية على رأسها جماعة الإخوان المسلمين في السودان احتجاجا على زيارة السيسي للخرطوم.
