من جديد استعانت حكومة جنوب السودان بالحركة الشعبية قطاع الشمال وفصائل دارفور في معاركها ضد المعارضة ودرجت جوبا على طلب المساعدة من قيادات قطاع الشمال كلما اشتدت المعارك داخل اراضيها ، ولم تكن هذه الإستعانة امر مستغرب لجهة أن جوبا عمدت منذ الإنفصال على الإحتفاظ بعلاقاتها مع قطاع الشمال ووفرت الملجأ والدعم لجميع عناصر فصائل دارفور الذين وجدوا رعاية كبيرة من جوبا بل إنها أختصتهم بالدعم والإيواء. ومن منطلق رد الدين ظل قطاع الشمال يقاتل جنباً الي جنب مع الجيش الشعبي ضد قوات المعارضة بولاية أعالي النيل حيث اقدمت (3) سرايا من قطاع الشمال على مشاركة في المعارك ضد المعارضة الجنوبية بعد سيطرة الأخيرة على منطقة الغابات وامتدت المعارك حتى منطقة بشاري جنوب غرب الرنك ، كما قامت كتيبة من القطاع وحركات دارفور بقيادة مقدم من القوات الحكومية بنصب كمائن للثوار انطلاقاً من معسكر الليري الذي وصلته الكتيبة من قيادة الرنك العسكرية ، واستعانت القوات الحكومية بسرية من قطاع الشمال للمشاركة في عمليات تمشيط المناطق من خور الضلمة إلى خور التبيلاب على بعد (40) كيلومترا جنوب منطقة بوط. فك الإرتباط بين حكومة الجنوب والجيش الشعبي ظل مطلباً من قبل الحكومة السودانية التي دأبت على مطالبة المجتمع الدولي وحكومة جوبا بضرورة طرد جوبا للحركة الشعبية وحركات دارفور الموجودة داخل اراضيها تحيقياً لسلام دائم في السودان وللحفاظ على علاقات البلدين خاصة وان قيادات قطاع الشمال ظلت تستقوي بحكومة الجنوب رفضاً لجميع المنابر التفاوضية التي تطرحها الحكومة السودانية ، برغم الهزائم التي منيت في المنطقتين رغم الدعم اللوجستي والعسكري الذي تقدمة لها جوبا . كثير من التقارير الدولية تحدثت عن دعم جوبا لقطاع الشمال ومده بالأسلحة الثقيلة ومضادات الطائرات ، وكذلك الدعم المالي والمعنوي والتكتيكي واستعانتها به في القتال ضد المعارضة، فالتعاون بين جوبا وقطاع الشمال اصبح هدف إستراتيجي رغم النداءات الأمريكية التي تحذر من تأثير استمرار هذا الدعم على الأمن القومي للدولتين. ويؤكد الخبير العسكري الفريق محمد بشير سليمان ان الرباط القائم مابين قطاع الشمال وحكومة جنوب السودان رباط قديم والحركة جزء اصيل منها تسعي لاستكمال خطة استراتيجة وصراع فكري وايدلوجي بتأسيس السودان الجديد بداء من العام (1953م) وحسب مفهوم الحركة فأن الرباط يظل قائم وهو السبب الأساسي في عدم تنفيذ الإتفاقيات مابين الخرطوموجوبا لهذا فأن حكومة جنوب السودان تستمر في دعم الحركات ، ويضيف سليمان أن هذا الأمر خلف تأثير سلبي علي الإتفاقيات بين البلدين خاصة وأن حكومة الجنوب عندما اصدرت قرارها بطرد الحركات المسلحة من اراضيها لم تكن جادة في هذا القرار . وكانت المعارضة الجنوبية كشفت عن قيام حكومة جنوب السودان بخرق الإتفاقيات والمواثيق الدولية بدعم الحركات المتمردة وذلك بتوفير كميات من الإمداد والدعم لقوات الحركة الشعبية قطاع الشمال ، والتي وصلت الى توفير اكثر من (8) شاحنات كبيرة محملة بالتعيينات والذخائر بإنواعها المختلفة بما فيها الزي العسكري للمقاتلين. وجود قطاع الشمال في جوبا كان له أثر سالب ليس على السودان فقط بل تعداه الي جوبا نفسها التي شهدت خلال الفترة السابقة خلافات حادة بين هيئة الإستخبارات بالجيش الشعبي وجهاز الأمن حيث تمسك مسؤولو الإستخبارات بالإبقاء على ملف دعم حركات التمرد في السودان، كما كان الحال منذ ما قبل الإنفصال بينما يتمسك جهاز الأمن بتولي كامل الملف، وتضمنت الخلافات تشكيك جهاز الأمن بجنوب السودان في مقدرة الإستخبارات وطريقة إدارتها لملف قطاع الشمال والتي ستعرض القيادة السياسية للحرج أمام السودان والمجتمع الدولي. وتشير بعض المعلومات إلى أن حكومة جوبا قامت بتكليف قيادة هيئة أركان الجيش الشعبي واستخباراتها بإدارة ملف المجموعات السودانية وتجهيزها لتحقيق أهدافها بما في ذلك قتال المجموعات المتمردة الجنوبية داخل الجنوب ، وتم تجهيز قيادات الحركة وتسهيل عمليات مرور الدعم من بعض الجهات المعادية للسودان كما ان جوبا تقوم بإقتسام هذا الدعم بينها والحركة الشعبية . وعلى الرغم من الوضع الأمني المضطرب داخل جوبا الا أنها لازالت تحاول فتح جبهة اخري مع السودان عن طريق دعم وايواء قطاع الشمال والحركات الدارفورية الموجودة داخل اراضيها في ظل تعطيل اتفاقيات التعاون التسع مع السودان ، فقطاع الشمال الذي لم يفلح في المحافظة على مناطق سيطرتة في جنوب كردفان والنيل الأزرق واصبح سلاح الجيش الشعبي ضد المعارضة مما ساهم في تفاقم الأزمة الجنوبية.
