اتهم سياسيون وناشطون سياسيون نظام الإخوان المحلول بالتخطيط لوأد الثورة السودانية عبر التمرد الفاشل الذي كان يهدف إلى "إطلاق سراح البشير" وقيادات الإخوان المسجونة. وأكدوا أن التمرد المسلح الذي قادته مجموعة من أفراد هيئة العمليات المحلولة التي كانت تتبع لجهاز الأمن والمخابرات ليس إلا مؤشرا للخطط الخبيثة التي ينفذها الإخوان من أجل قطع الطريق أمام التحول الديمقراطي وتهيئة الأجواء لعودة النظام المخلوع، لكنهم وصفوا الحادثة ب"الانتحار السياسي". وفي هذا السياق، شددت قوى الحرية والتغيير على ضرورة الإسراع في إعادة هيكلة الأجهزة الأمنية، مشيرة إلى أن هيئة العمليات التابعة لجهاز الأمن والمخابرات كانت تتبع عقيدة تعطي الاهتمام أولا وأخيرا للولاء الأعمى للحزب الحاكم دون اعتبار لمصلحة الوطن. وحمل كل من إبراهيم الشيخ ووجدي صالح، القياديان في قوى الحرية والتغيير، إدارة جهاز الأمن والمخابرات مسؤولية الأحداث التي شهدتها الخرطوم في الرابع عشر من يناير والتي أدت إلى هلع في أوساط سكان العاصمة الخرطوم ومناطق أخرى. وقال صالح إن الهدف الأساسي من وراء تمرد قوات هيئة العمليات هو ضرب الثورة، مشيرا إلى أن القوات المسلحة السودانية والدعم السريع تصدت بقوة للتمرد الذي قام به بعض منسوبي الهيئة. من جانبه، طالب إبراهيم الشيخ بضرورة الإسراع لوضع حد لتحركات الرموز الموالية للنظام السابق. واتهم مدير جهاز المخابرات العامة السابق صلاح عبد الله قوش بالوقوف وراء التمرد، وقال "قوش كان يخطط الاستيلاء على السلطة". وأفاد الشيخ أن هيئة العمليات "كانت تخطط لإطلاق سراح البشير ورفاقه من سجن كوبر بالخرطوم خلال الأحداث. ونوه إلى ان كل الأحداث التي شهدتها البلاد مرورا ببورتسودان والجنينة وغيرها كان يخطط لها ويقف خلفها العهد البائد". محاولة بائسة ووصف عبدالقيوم عوض السيد، رئيس المجلس المركزي لحزب المؤتمر السوداني، ل"سكاي نيوز عربية"، حادثة التمرد بالمحاولة البائسة لقتل الثورة واستعادة النظام البائد. واستبعد عوض السيد أن تكون الحادثة مجرد مطالبة بمستحقات مالية نظرا للطريقة التي تمت بها والتي تؤكد وجود مخطط كبير وراءها كان يهدف إلى خلق بيئة مواتية لعودة النظام المخلوع. وشدد عوض السيد إلى ضرورة تسريع عمليات تفكيك واجهات المؤتمر الوطني الأمنية وغير الأمنية من أجل تحقيق الاستقرار وضمان تلبية متطلبات الشارع السوداني. أما الصحفي والمحلل محمد عبدالعزيز فيرى أن الموضوع ليس له علاقة بصرف الاستحقاقات، إنما يرمي إلى فرض وجود تلك القوات على أرض الواقع. ويؤكد عبدالعزيز على أن تفكيك جهاز الأمن بطريقة صحيحة أصبح أولوية مقدمة على كل الأولويات. وطالب عبدالعزيز جميع المكونات بما فيها السلطتين السيادية والتنفيذية وقوى الحرية والتغيير بالعمل كجسم واحد وبعقل واحد من أجل تفادي العقبات والوصول بالفترة الانتقالية إلى بر الأمان.
