انتقد مجمع الفقه الإسلامي، لأول مرة، المناهج والمقررات التي كانت في زمن "نظام الانقاذ" ووصفها بأنها كانت "ضعيفة"، رغم أن من وضعها كانوا من العلماء والأساتذة . في وقت، قال فيه رئيس المجمع د. عبد الرحيم آدم ، خلال ورشة بمجمع الفقه يوم الثلاثاء: "أردنا أن نلتمس لهم العذر فلا عذر لهم في ذلك، حكومة الإنقاذ كانت تهتم بأمر السياسة أكثر من الاهتمام بالتعليم". وأوضح آدم، أنّ أول قرار اتخذه بعد توليه مهام المجمع هو مراجعة كتاب التربية الإسلامية للصف الأول ، حيث أكتشف أن المعلومات التي يحتويها كانت ضعيفة. في حين، أكد أن نظام الإنقاذ بعد أن ذهبت ومجئ ثورة ديسمبر المباركة، " ظن بعض الناس أن الثورة علي الانقاذ هي ثورة على كل موروث قديم، لذلك أرادوا أن يبدلوا فكرا بفكر آخر ويمكنوا له". ومضى للقول: "أن كل دولة تمر بثورة ستكون في حالة ضعف إلا أنها سترجع إلي أصولها وجذورها .. كان ينبغي للناس أن يتمسكوا في هذه المرحلة بالأصول والجذور وهي التمسك بالشريعة الاسلامية". وتالياً، أوضح آدم، أنه عندما اختير عضوا في اللجنة القومية للمناهج، وجد أن بعض الدروس في اللغة العربية للصف السادس بعد اطلاعه عليها أن المواد المحذوفة تتحدث "عن السيدة خديجة والسيدة فاطمة بنت جابر والسيدة حليمة السعيدة وآل ياسر وحجتهم إنها تتحدث عن أيديولوجية واحدة فقلنا لهم ينبغي أن يدرس آل ياسر في المراكز القانونية العالمية لأنه يمثل كيفية انتهاك حقوق الإنسان". وتابع: "الذين يهاجمون الانقاذ وبحسب رؤيتهم أن المقرر يمثل ايديولوجية معينة إلا ان القيم والهوية السودانية ستظلان ثابتتين، ونقول إن كل من يحاول أن يركب موجة التعليم والمناهج ليثبت فكرة معينة عليه أن يعتبر بالانقاذ التي كانت أكثر قوة وتنظيما إلا إنها ذهبت بلا رجعة". بالمقابل، أكد رئيس المجمع أنهم مشاركون في وضع المناهج فيما يليهم بحسب القانون كما هو موجود في القرار 70 المنشئ لسلطات وزارة الشؤون الدينية والأوقاف بأن تشارك في وضع المناهج في مجالي العلوم الطبيعية والتطبيقية في جميع المراحل. في نفس المنحى، لفت عبدالرحيم إلي أنه كان من المقرر أن تنعقد هذه الورشة منذ زمن بعيد ولكنهم أرجأوا قيامها لتكون في جو صحي بعيدا عن التنافس والتشاكس مع وزارة التربية والتعليم، ونبه إلى أن ما خرجت به الورشة من توصيات ليست ملزمة لوزارة التربية والتعليم أو لأي جهة وإنما هي مشاركة ومناصحة للمجمع ولغيره. من جانبه، أكد عضو مجمع الفقه الاسلامي د. أحمد النعمة، أن وضع المناهج لا يقل أهمية من وضع الدستور، ونوه إلى ضرورة الاهتمام بوضع المناهج لتستوعب الحاضر والمستقبل، وإعادة النظر فيها من حين لآخر.